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NDB ID: PR0279  PDB ID: 2PXL 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2PXL|1|B|A|1402PXL|1|B|A|1400BPh
2PXL|1|B|A|1402PXL|1|B|C|141s35
2PXL|1|B|A|1432PXL|1|B|G|144n0BP
2PXL|1|B|A|1482PXL|1|B|A|1480BPh
2PXL|1|B|A|1482PXL|1|B|A|164s55
2PXL|1|B|A|1482PXL|1|B|C|147
2PXL|1|B|A|1482PXL|1|B|C|163tHW
2PXL|1|B|A|1482PXL|1|B|G|149s35
2PXL|1|B|A|1552PXL|1|B|A|1550BPh
2PXL|1|B|A|1552PXL|1|B|A|156s35
2PXL|1|B|A|1562PXL|1|B|A|155s53
2PXL|1|B|A|1562PXL|1|B|A|1560BPh
2PXL|1|B|A|1562PXL|1|B|A|157s35
2PXL|1|B|A|1562PXL|1|B|G|154
2PXL|1|B|A|1572PXL|1|B|A|156s53
2PXL|1|B|A|1572PXL|1|B|A|1570BPh
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2PXL|1|B|A|1572PXL|1|B|G|158s35
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2PXL|1|B|A|1682PXL|1|B|A|169s35
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2PXL|1|B|A|1682PXL|1|B|G|144s55
2PXL|1|B|A|1692PXL|1|B|A|168s53
2PXL|1|B|A|1692PXL|1|B|A|1690BPh
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2PXL|1|B|A|1692PXL|1|B|U|139cWW
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2PXL|1|B|C|1312PXL|1|B|G|132s35
2PXL|1|B|C|1412PXL|1|B|A|140s53
2PXL|1|B|C|1412PXL|1|B|C|1410BPh
2PXL|1|B|C|1412PXL|1|B|C|142s35
2PXL|1|B|C|1422PXL|1|B|C|141s53
2PXL|1|B|C|1422PXL|1|B|C|1420BPh
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2PXL|1|B|C|1522PXL|1|B|U|151s53
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2PXL|1|B|C|1532PXL|1|B|C|1530BPh
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2PXL|1|B|C|1532PXL|1|B|G|159s55
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2PXL|1|B|C|1632PXL|1|B|A|164s35
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2PXL|1|B|C|1632PXL|1|B|C|1630BPh
2PXL|1|B|C|1632PXL|1|B|G|149s55
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2PXL|1|B|U|1352PXL|1|B|U|1350BPh
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2PXL|1|B|U|1372PXL|1|B|U|1370BPh
2PXL|1|B|U|1372PXL|1|B|U|138s35
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2PXL|1|B|U|1382PXL|1|B|U|1380BPh
2PXL|1|B|U|1382PXL|1|B|U|139s35
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2PXL|1|B|U|1392PXL|1|B|G|170s55
2PXL|1|B|U|1392PXL|1|B|U|138s53
2PXL|1|B|U|1392PXL|1|B|U|1390BPh
2PXL|1|B|U|1462PXL|1|B|C|147s35
2PXL|1|B|U|1462PXL|1|B|G|145s53
2PXL|1|B|U|1462PXL|1|B|G|165cWW
2PXL|1|B|U|1462PXL|1|B|U|1460BPh
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2PXL|1|B|U|1512PXL|1|B|A|161ns55
2PXL|1|B|U|1512PXL|1|B|C|152s35
2PXL|1|B|U|1512PXL|1|B|G|150s53
2PXL|1|B|U|1512PXL|1|B|U|1510BPh
2PXL|1|B|U|1752PXL|1|B|C|174s53
2PXL|1|B|U|1752PXL|1|B|G|133cWW
2PXL|1|B|U|1752PXL|1|B|G|134s55
2PXL|1|B|U|1752PXL|1|B|U|1750BPh
2PXL|1|B|U|1752PXL|1|B|U|176s35
2PXL|1|B|U|1762PXL|1|B|G|132cWW
2PXL|1|B|U|1762PXL|1|B|G|133s55
2PXL|1|B|U|1762PXL|1|B|U|175s53
2PXL|1|B|U|1762PXL|1|B|U|1760BPh


Base-PairsCount (19)Relative Frequency
cWW150.789
tWH10.053
tHS30.158
Base-PhosphateCount (46)Relative Frequency
3BPh10.022
4BPh10.022
6BPh10.022
0BPh430.935
Base-StackingCount (25)Relative Frequency
s3310.040
s53110.440
s55130.520

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)