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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: UR0121  PDB ID: 2QUS 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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2QUS|1|B|U|242QUS|1|B|G|22s35
2QUS|1|B|U|242QUS|1|B|U|240BPh
2QUS|1|B|U|242QUS|1|B|U|26ns55
2QUS|1|B|U|262QUS|1|B|A|18cWW
2QUS|1|B|U|262QUS|1|B|A|46s53
2QUS|1|B|U|262QUS|1|B|C|27s35
2QUS|1|B|U|262QUS|1|B|U|24ns55
2QUS|1|B|U|262QUS|1|B|U|260BPh
2QUS|1|B|U|312QUS|1|B|A|13cWW
2QUS|1|B|U|312QUS|1|B|C|32s35
2QUS|1|B|U|312QUS|1|B|G|30s53
2QUS|1|B|U|312QUS|1|B|U|310BPh
2QUS|1|B|U|332QUS|1|B|C|32
2QUS|1|B|U|332QUS|1|B|U|330BPh
2QUS|1|B|U|332QUS|1|B|U|365BPh
2QUS|1|B|U|362QUS|1|B|C|32s53
2QUS|1|B|U|362QUS|1|B|G|37s55
2QUS|1|B|U|402QUS|1|B|A|49cWW
2QUS|1|B|U|402QUS|1|B|C|41s35
2QUS|1|B|U|402QUS|1|B|G|39s53
2QUS|1|B|U|402QUS|1|B|U|400BPh
2QUS|1|B|U|442QUS|1|B|A|46ncWS
2QUS|1|B|U|442QUS|1|B|G|43s53
2QUS|1|B|U|442QUS|1|B|U|259BPh
2QUS|1|B|U|612QUS|1|B|A|4cWW
2QUS|1|B|U|612QUS|1|B|C|60s53
2QUS|1|B|U|612QUS|1|B|C|62s35
2QUS|1|B|U|612QUS|1|B|G|5s55
2QUS|1|B|U|612QUS|1|B|U|610BPh
2QUS|1|B|U|682QUS|1|B|A|67s53
2QUS|1|B|U|682QUS|1|B|U|680BPh
2QUS|1|B|U|682QUS|1|B|U|69s35
2QUS|1|B|U|692QUS|1|B|U|68s53
2QUS|1|B|U|692QUS|1|B|U|690BPh
2QUS|1|B|U|92QUS|1|B|A|56cWW
2QUS|1|B|U|92QUS|1|B|C|8s53
2QUS|1|B|U|92QUS|1|B|G|10s35
2QUS|1|B|U|92QUS|1|B|G|57s55
2QUS|1|B|U|92QUS|1|B|U|90BPh


Base-PairsCount (48)Relative Frequency
cWW440.917
tWH20.042
cWS10.021
cHS10.021
Base-PhosphateCount (120)Relative Frequency
1BPh10.008
2BPh20.017
5BPh30.025
9BPh20.017
0BPh1120.933
Base-StackingCount (75)Relative Frequency
s3320.027
s53380.507
s55350.467

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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