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NDB ID: 2TPK  PDB ID: 2TPK 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
2TPK|1|A|A|122TPK|1|A|A|120BPh
2TPK|1|A|A|122TPK|1|A|A|32s55
2TPK|1|A|A|122TPK|1|A|U|11s53
2TPK|1|A|A|122TPK|1|A|U|13s35
2TPK|1|A|A|122TPK|1|A|U|31cWW
2TPK|1|A|A|152TPK|1|A|C|29s55
2TPK|1|A|A|152TPK|1|A|C|7
2TPK|1|A|A|152TPK|1|A|G|14s53
2TPK|1|A|A|152TPK|1|A|G|16s35
2TPK|1|A|A|152TPK|1|A|U|28cWW
2TPK|1|A|A|202TPK|1|A|A|200BPh
2TPK|1|A|A|202TPK|1|A|A|22
2TPK|1|A|A|202TPK|1|A|C|19s53
2TPK|1|A|A|202TPK|1|A|G|4s55
2TPK|1|A|A|202TPK|1|A|U|21s35
2TPK|1|A|A|202TPK|1|A|U|3cWW
2TPK|1|A|A|222TPK|1|A|A|20
2TPK|1|A|A|222TPK|1|A|A|220BPh
2TPK|1|A|A|222TPK|1|A|C|2
2TPK|1|A|A|222TPK|1|A|G|4ns55
2TPK|1|A|A|222TPK|1|A|U|3
2TPK|1|A|A|242TPK|1|A|C|19ns55
2TPK|1|A|A|242TPK|1|A|C|23s53
2TPK|1|A|A|242TPK|1|A|U|18tHS
2TPK|1|A|A|242TPK|1|A|U|25s35
2TPK|1|A|A|302TPK|1|A|A|300BPh
2TPK|1|A|A|302TPK|1|A|C|29s53
2TPK|1|A|A|302TPK|1|A|G|14s55
2TPK|1|A|A|302TPK|1|A|U|13cWW
2TPK|1|A|A|302TPK|1|A|U|31s35
2TPK|1|A|A|322TPK|1|A|A|12s55
2TPK|1|A|A|322TPK|1|A|A|320BPh
2TPK|1|A|A|322TPK|1|A|A|8ntWW
2TPK|1|A|A|322TPK|1|A|G|33s35
2TPK|1|A|A|322TPK|1|A|U|11cWW
2TPK|1|A|A|322TPK|1|A|U|31s53
2TPK|1|A|A|352TPK|1|A|A|350BPh
2TPK|1|A|A|352TPK|1|A|C|34ns53
2TPK|1|A|A|352TPK|1|A|C|36s35
2TPK|1|A|A|352TPK|1|A|G|9s55
2TPK|1|A|A|52TPK|1|A|A|50BPh
2TPK|1|A|A|52TPK|1|A|C|19s55
2TPK|1|A|A|52TPK|1|A|C|6s35
2TPK|1|A|A|52TPK|1|A|G|4s53
2TPK|1|A|A|52TPK|1|A|U|18cWW
2TPK|1|A|A|52TPK|1|A|U|25ncSH
2TPK|1|A|A|82TPK|1|A|A|32ntWW
2TPK|1|A|A|82TPK|1|A|A|8n0BP
2TPK|1|A|A|82TPK|1|A|U|11ns33
2TPK|1|A|C|102TPK|1|A|C|100BPh
2TPK|1|A|C|102TPK|1|A|G|33cWW
2TPK|1|A|C|102TPK|1|A|G|9s53
2TPK|1|A|C|102TPK|1|A|U|11s35
2TPK|1|A|C|192TPK|1|A|A|20s35
2TPK|1|A|C|192TPK|1|A|A|24ns55
2TPK|1|A|C|192TPK|1|A|A|5s55
2TPK|1|A|C|192TPK|1|A|C|190BPh
2TPK|1|A|C|192TPK|1|A|G|4cWW
2TPK|1|A|C|192TPK|1|A|U|18s53
2TPK|1|A|C|22TPK|1|A|A|22
2TPK|1|A|C|22TPK|1|A|C|20BPh
2TPK|1|A|C|22TPK|1|A|G|1s55
2TPK|1|A|C|22TPK|1|A|U|21ntHS
2TPK|1|A|C|22TPK|1|A|U|3s35
2TPK|1|A|C|232TPK|1|A|A|20
2TPK|1|A|C|232TPK|1|A|A|24s35
2TPK|1|A|C|232TPK|1|A|C|19
2TPK|1|A|C|232TPK|1|A|C|23n0BP
2TPK|1|A|C|262TPK|1|A|C|26n0BP
2TPK|1|A|C|262TPK|1|A|C|6ns53
2TPK|1|A|C|262TPK|1|A|C|79BPh
2TPK|1|A|C|262TPK|1|A|G|17ns55
2TPK|1|A|C|262TPK|1|A|G|27
2TPK|1|A|C|262TPK|1|A|U|25s53
2TPK|1|A|C|292TPK|1|A|A|15s55
2TPK|1|A|C|292TPK|1|A|A|30s35
2TPK|1|A|C|292TPK|1|A|C|290BPh
2TPK|1|A|C|292TPK|1|A|G|14cWW
2TPK|1|A|C|292TPK|1|A|U|28s53
2TPK|1|A|C|342TPK|1|A|A|35ns35
2TPK|1|A|C|342TPK|1|A|G|33s53
2TPK|1|A|C|342TPK|1|A|G|9cWW
2TPK|1|A|C|362TPK|1|A|A|35s53
2TPK|1|A|C|362TPK|1|A|C|360BPh
2TPK|1|A|C|62TPK|1|A|A|5s53
2TPK|1|A|C|62TPK|1|A|C|26ns35
2TPK|1|A|C|62TPK|1|A|C|60BPh
2TPK|1|A|C|62TPK|1|A|C|7s35
2TPK|1|A|C|62TPK|1|A|G|17cWW
2TPK|1|A|C|72TPK|1|A|A|15
2TPK|1|A|C|72TPK|1|A|C|6s53
2TPK|1|A|C|72TPK|1|A|C|70BPh
2TPK|1|A|C|72TPK|1|A|G|16cWW
2TPK|1|A|C|72TPK|1|A|U|28s35
2TPK|1|A|G|12TPK|1|A|C|2s55
2TPK|1|A|G|12TPK|1|A|U|21ns53
2TPK|1|A|G|142TPK|1|A|A|15s35
2TPK|1|A|G|142TPK|1|A|A|30s55
2TPK|1|A|G|142TPK|1|A|C|29cWW
2TPK|1|A|G|142TPK|1|A|G|140BPh
2TPK|1|A|G|142TPK|1|A|U|13s53
2TPK|1|A|G|162TPK|1|A|A|15s53
2TPK|1|A|G|162TPK|1|A|C|7cWW
2TPK|1|A|G|162TPK|1|A|G|17s35
2TPK|1|A|G|162TPK|1|A|G|27ns33
2TPK|1|A|G|162TPK|1|A|U|28s55
2TPK|1|A|G|172TPK|1|A|C|26ns55
2TPK|1|A|G|172TPK|1|A|C|6cWW
2TPK|1|A|G|172TPK|1|A|G|16s53
2TPK|1|A|G|172TPK|1|A|G|170BPh
2TPK|1|A|G|172TPK|1|A|U|18s35
2TPK|1|A|G|172TPK|1|A|U|25ntSH
2TPK|1|A|G|272TPK|1|A|C|26
2TPK|1|A|G|272TPK|1|A|G|16ns33
2TPK|1|A|G|272TPK|1|A|U|28s35
2TPK|1|A|G|332TPK|1|A|A|32s53
2TPK|1|A|G|332TPK|1|A|C|10cWW
2TPK|1|A|G|332TPK|1|A|C|34s35
2TPK|1|A|G|332TPK|1|A|G|330BPh
2TPK|1|A|G|332TPK|1|A|U|11s55
2TPK|1|A|G|42TPK|1|A|A|20s55
2TPK|1|A|G|42TPK|1|A|A|22ns55
2TPK|1|A|G|42TPK|1|A|A|24n1BP
2TPK|1|A|G|42TPK|1|A|A|5s35
2TPK|1|A|G|42TPK|1|A|C|19cWW
2TPK|1|A|G|42TPK|1|A|G|40BPh
2TPK|1|A|G|42TPK|1|A|U|3s53
2TPK|1|A|G|92TPK|1|A|A|35s55
2TPK|1|A|G|92TPK|1|A|C|10s35
2TPK|1|A|G|92TPK|1|A|C|34cWW
2TPK|1|A|U|112TPK|1|A|A|12s35
2TPK|1|A|U|112TPK|1|A|A|32cWW
2TPK|1|A|U|112TPK|1|A|A|8ns33
2TPK|1|A|U|112TPK|1|A|C|10s53
2TPK|1|A|U|112TPK|1|A|G|33s55
2TPK|1|A|U|112TPK|1|A|U|110BPh
2TPK|1|A|U|132TPK|1|A|A|12s53
2TPK|1|A|U|132TPK|1|A|A|30cWW
2TPK|1|A|U|132TPK|1|A|G|14s35
2TPK|1|A|U|132TPK|1|A|U|130BPh
2TPK|1|A|U|182TPK|1|A|A|24tSH
2TPK|1|A|U|182TPK|1|A|A|5cWW
2TPK|1|A|U|182TPK|1|A|C|19s35
2TPK|1|A|U|182TPK|1|A|G|17s53
2TPK|1|A|U|182TPK|1|A|U|180BPh
2TPK|1|A|U|212TPK|1|A|A|20s53n9BP
2TPK|1|A|U|212TPK|1|A|C|2ntSH
2TPK|1|A|U|212TPK|1|A|G|1ns35
2TPK|1|A|U|212TPK|1|A|U|21n0BP
2TPK|1|A|U|252TPK|1|A|A|24s53
2TPK|1|A|U|252TPK|1|A|A|5ncHS
2TPK|1|A|U|252TPK|1|A|C|26s35
2TPK|1|A|U|252TPK|1|A|G|17ntHS
2TPK|1|A|U|282TPK|1|A|A|15cWW
2TPK|1|A|U|282TPK|1|A|C|29s35
2TPK|1|A|U|282TPK|1|A|C|7s53
2TPK|1|A|U|282TPK|1|A|G|16s55
2TPK|1|A|U|282TPK|1|A|G|27s53
2TPK|1|A|U|282TPK|1|A|U|280BPh
2TPK|1|A|U|32TPK|1|A|A|20cWW
2TPK|1|A|U|32TPK|1|A|A|22
2TPK|1|A|U|32TPK|1|A|C|2s53n9BP
2TPK|1|A|U|32TPK|1|A|G|4s35
2TPK|1|A|U|32TPK|1|A|U|30BPh
2TPK|1|A|U|312TPK|1|A|A|12cWW
2TPK|1|A|U|312TPK|1|A|A|30s53
2TPK|1|A|U|312TPK|1|A|A|32s35
2TPK|1|A|U|312TPK|1|A|U|310BPh


Base-PairsCount (13)Relative Frequency
cWW120.923
tHS10.077
Base-PhosphateCount (25)Relative Frequency
9BPh10.040
0BPh240.960
Base-StackingCount (23)Relative Frequency
s53140.609
s5590.391

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)