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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: TRNA07  PDB ID: 2TRA 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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2TRA|1|A|U|252TRA|1|A|G|45
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2TRA|1|A|U|332TRA|1|A|C|36||AntSH5BPh
2TRA|1|A|U|332TRA|1|A|U|330BPh
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2TRA|1|A|U|35||A2TRA|1|A|G|34||As53
2TRA|1|A|U|35||A2TRA|1|A|U|33
2TRA|1|A|U|35||A2TRA|1|A|U|35||A0BPh
2TRA|1|A|U|402TRA|1|A|G|30cWW
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2TRA|1|A|U|402TRA|1|A|G|41s35
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2TRA|1|A|U|52TRA|1|A|U|50BPh
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2TRA|1|A|U|582TRA|1|A|U|58n0BP
2TRA|1|A|U|582TRA|1|A|U|59s35
2TRA|1|A|U|592TRA|1|A|A|57
2TRA|1|A|U|592TRA|1|A|U|58s539BPh
2TRA|1|A|U|592TRA|1|A|U|590BPh
2TRA|1|A|U|652TRA|1|A|A|7cWW
2TRA|1|A|U|652TRA|1|A|C|66s35
2TRA|1|A|U|652TRA|1|A|G|64s53
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2TRA|1|A|U|82TRA|1|A|A|14tWH
2TRA|1|A|U|82TRA|1|A|A|15ns55
2TRA|1|A|U|82TRA|1|A|A|21tSS
2TRA|1|A|U|82TRA|1|A|A|46cSS
2TRA|1|A|U|82TRA|1|A|U|80BPh


Base-PairsCount (28)Relative Frequency
cWW210.750
tWW10.036
tWH20.071
cWS10.036
tHH10.036
cSS10.036
tSS10.036
Base-PhosphateCount (56)Relative Frequency
5BPh10.018
6BPh10.018
9BPh20.036
0BPh520.929
Base-StackingCount (35)Relative Frequency
s3330.086
s53150.429
s55170.486

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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