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NDB ID: NA1225  PDB ID: 3SUY 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

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3SUY|1|X|U|933SUY|1|X|C|92s53
3SUY|1|X|U|933SUY|1|X|C|94s35
3SUY|1|X|U|933SUY|1|X|G|42cWW
3SUY|1|X|U|933SUY|1|X|G|43s55
3SUY|1|X|U|933SUY|1|X|U|930BPh
3SUY|1|X|U|93||||17_5553SUY|1|X|C|92||||17_555s53
3SUY|1|X|U|93||||17_5553SUY|1|X|C|94||||17_555s35
3SUY|1|X|U|93||||17_5553SUY|1|X|G|42||||17_555cWW
3SUY|1|X|U|93||||17_5553SUY|1|X|G|43||||17_555s55
3SUY|1|X|U|93||||17_5553SUY|1|X|U|93||||17_5550BPh
3SUY|1|X|U|973SUY|1|X|A|5||||17_555cWW
3SUY|1|X|U|973SUY|1|X|C|96s53
3SUY|1|X|U|973SUY|1|X|G|6||||17_555s55
3SUY|1|X|U|973SUY|1|X|G|98s35
3SUY|1|X|U|973SUY|1|X|U|970BPh
3SUY|1|X|U|97||||17_5553SUY|1|X|A|5cWW
3SUY|1|X|U|97||||17_5553SUY|1|X|C|96||||17_555s53
3SUY|1|X|U|97||||17_5553SUY|1|X|G|6s55
3SUY|1|X|U|97||||17_5553SUY|1|X|G|98||||17_555s35
3SUY|1|X|U|97||||17_5553SUY|1|X|U|97||||17_5550BPh
3SUY|1|X|U|993SUY|1|X|A|3||||17_555cWW
3SUY|1|X|U|993SUY|1|X|G|98s53
3SUY|1|X|U|993SUY|1|X|U|100s35
3SUY|1|X|U|993SUY|1|X|U|99n9BP
3SUY|1|X|U|99||||17_5553SUY|1|X|A|3cWW
3SUY|1|X|U|99||||17_5553SUY|1|X|G|98||||17_555s53
3SUY|1|X|U|99||||17_5553SUY|1|X|U|100||||17_555s35
3SUY|1|X|U|99||||17_5553SUY|1|X|U|99||||17_555n9BP
3SUY|1|X|U|9||||17_5553SUY|1|X|G|8||||17_5559BPh
3SUY|1|X|U|9||||17_5553SUY|1|X|U|9s55
3SUY|1|X|U|9||||17_5553SUY|1|X|U|9||||17_5550BPh


Base-PairsCount (82)Relative Frequency
cWW780.951
cSS20.024
tSS20.024
Base-PhosphateCount (180)Relative Frequency
1BPh20.011
2BPh40.022
4BPh40.022
9BPh20.011
0BPh1680.933
Base-StackingCount (117)Relative Frequency
s3380.068
s53580.496
s55510.436

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)