A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 18-Sep-2019 number of released structures: 10387
Search for released structures

NDB ID: NA1734  PDB ID: 3VRS 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
3VRS|1|A|A|193VRS|1|A|A|190BPh
3VRS|1|A|A|193VRS|1|A|A|20s55
3VRS|1|A|A|193VRS|1|A|C|18
3VRS|1|A|A|203VRS|1|A|A|19s55
3VRS|1|A|A|203VRS|1|A|A|21s35
3VRS|1|A|A|203VRS|1|A|G|3
3VRS|1|A|A|213VRS|1|A|A|20s53
3VRS|1|A|A|213VRS|1|A|A|210BPh
3VRS|1|A|A|213VRS|1|A|C|16cSS
3VRS|1|A|A|213VRS|1|A|C|17ncSS
3VRS|1|A|A|213VRS|1|A|C|22
3VRS|1|A|A|213VRS|1|A|C|4ns35
3VRS|1|A|A|213VRS|1|A|G|3tSS
3VRS|1|A|A|303VRS|1|A|A|300BPh
3VRS|1|A|A|303VRS|1|A|A|31s35
3VRS|1|A|A|313VRS|1|A|A|30s53
3VRS|1|A|A|313VRS|1|A|A|310BPh
3VRS|1|A|A|313VRS|1|A|A|32s35
3VRS|1|A|A|313VRS|1|A|G|29ns33
3VRS|1|A|A|323VRS|1|A|A|31s53
3VRS|1|A|A|323VRS|1|A|A|320BPh
3VRS|1|A|A|323VRS|1|A|A|33s35
3VRS|1|A|A|323VRS|1|A|G|29tHS
3VRS|1|A|A|333VRS|1|A|A|32s53
3VRS|1|A|A|333VRS|1|A|A|330BPh
3VRS|1|A|A|333VRS|1|A|G|29s55
3VRS|1|A|A|333VRS|1|A|G|34s35
3VRS|1|A|A|333VRS|1|A|U|28cWW
3VRS|1|A|A|403VRS|1|A|A|49s55
3VRS|1|A|A|403VRS|1|A|G|8s35
3VRS|1|A|A|403VRS|1|A|U|48tHW
3VRS|1|A|A|403VRS|1|A|U|7ns53
3VRS|1|A|A|493VRS|1|A|A|40s55
3VRS|1|A|A|493VRS|1|A|A|490BPh
3VRS|1|A|A|493VRS|1|A|C|50s35
3VRS|1|A|A|493VRS|1|A|U|48s53
3VRS|1|A|A|63VRS|1|A|G|24s55
3VRS|1|A|A|63VRS|1|A|G|39s35
3VRS|1|A|A|63VRS|1|A|U|38tWW
3VRS|1|A|A|93VRS|1|A|A|90BPh
3VRS|1|A|A|93VRS|1|A|C|47s55
3VRS|1|A|A|93VRS|1|A|G|10s35
3VRS|1|A|A|93VRS|1|A|G|8s53
3VRS|1|A|A|93VRS|1|A|U|46cWW
3VRS|1|A|C|123VRS|1|A|C|120BPh
3VRS|1|A|C|123VRS|1|A|C|13s35
3VRS|1|A|C|123VRS|1|A|G|11s53
3VRS|1|A|C|123VRS|1|A|G|43cWW
3VRS|1|A|C|133VRS|1|A|C|12s53
3VRS|1|A|C|133VRS|1|A|C|130BPh
3VRS|1|A|C|133VRS|1|A|C|14s35
3VRS|1|A|C|133VRS|1|A|G|42cWW
3VRS|1|A|C|133VRS|1|A|G|43s55
3VRS|1|A|C|143VRS|1|A|C|13s53
3VRS|1|A|C|143VRS|1|A|C|140BPh
3VRS|1|A|C|143VRS|1|A|G|15s35
3VRS|1|A|C|143VRS|1|A|G|42s55
3VRS|1|A|C|143VRS|1|A|G|5cWW
3VRS|1|A|C|163VRS|1|A|A|21cSS
3VRS|1|A|C|163VRS|1|A|C|160BPh
3VRS|1|A|C|163VRS|1|A|C|17s35
3VRS|1|A|C|163VRS|1|A|G|15s53
3VRS|1|A|C|163VRS|1|A|G|3cWW
3VRS|1|A|C|173VRS|1|A|A|21ncSS
3VRS|1|A|C|173VRS|1|A|C|16s53
3VRS|1|A|C|173VRS|1|A|C|170BPh
3VRS|1|A|C|173VRS|1|A|C|18s35
3VRS|1|A|C|173VRS|1|A|G|2cWW
3VRS|1|A|C|173VRS|1|A|G|3s55
3VRS|1|A|C|183VRS|1|A|C|17s53
3VRS|1|A|C|183VRS|1|A|C|180BPh
3VRS|1|A|C|183VRS|1|A|G|2s55
3VRS|1|A|C|223VRS|1|A|A|219BPh
3VRS|1|A|C|223VRS|1|A|C|220BPh
3VRS|1|A|C|223VRS|1|A|U|23s35
3VRS|1|A|C|253VRS|1|A|C|250BPh
3VRS|1|A|C|253VRS|1|A|C|26s35
3VRS|1|A|C|253VRS|1|A|G|24s53
3VRS|1|A|C|253VRS|1|A|G|36cWW
3VRS|1|A|C|263VRS|1|A|C|25s53
3VRS|1|A|C|263VRS|1|A|C|260BPh
3VRS|1|A|C|263VRS|1|A|C|27s35
3VRS|1|A|C|263VRS|1|A|G|35cWW
3VRS|1|A|C|263VRS|1|A|G|36s55
3VRS|1|A|C|273VRS|1|A|C|26s53
3VRS|1|A|C|273VRS|1|A|C|270BPh
3VRS|1|A|C|273VRS|1|A|G|34cWW
3VRS|1|A|C|273VRS|1|A|G|35s55
3VRS|1|A|C|273VRS|1|A|U|28s35
3VRS|1|A|C|373VRS|1|A|C|370BPh
3VRS|1|A|C|373VRS|1|A|G|24cWW
3VRS|1|A|C|373VRS|1|A|G|36s53
3VRS|1|A|C|373VRS|1|A|U|38s35
3VRS|1|A|C|43VRS|1|A|A|21ns53
3VRS|1|A|C|43VRS|1|A|C|40BPh
3VRS|1|A|C|43VRS|1|A|G|15cWW
3VRS|1|A|C|43VRS|1|A|G|3s53
3VRS|1|A|C|43VRS|1|A|G|5s35
3VRS|1|A|C|443VRS|1|A|C|440BPh
3VRS|1|A|C|443VRS|1|A|C|45ns35
3VRS|1|A|C|443VRS|1|A|G|11cWW
3VRS|1|A|C|443VRS|1|A|G|43s53
3VRS|1|A|C|443VRS|1|A|U|41ntHS
3VRS|1|A|C|453VRS|1|A|C|44ns53
3VRS|1|A|C|453VRS|1|A|C|450BPh
3VRS|1|A|C|453VRS|1|A|G|10cWW
3VRS|1|A|C|453VRS|1|A|G|11s55
3VRS|1|A|C|453VRS|1|A|U|46s35
3VRS|1|A|C|473VRS|1|A|A|9s55
3VRS|1|A|C|473VRS|1|A|C|470BPh
3VRS|1|A|C|473VRS|1|A|G|8cWW
3VRS|1|A|C|473VRS|1|A|U|46s53
3VRS|1|A|C|473VRS|1|A|U|48s35
3VRS|1|A|C|503VRS|1|A|A|49s53
3VRS|1|A|C|503VRS|1|A|C|500BPh
3VRS|1|A|G|103VRS|1|A|A|9s53
3VRS|1|A|G|103VRS|1|A|C|45cWW
3VRS|1|A|G|103VRS|1|A|G|100BPh
3VRS|1|A|G|103VRS|1|A|G|11s35
3VRS|1|A|G|103VRS|1|A|U|46s55
3VRS|1|A|G|113VRS|1|A|C|12s35
3VRS|1|A|G|113VRS|1|A|C|44cWW
3VRS|1|A|G|113VRS|1|A|C|45s55
3VRS|1|A|G|113VRS|1|A|G|10s53
3VRS|1|A|G|113VRS|1|A|G|110BPh
3VRS|1|A|G|153VRS|1|A|C|14s53
3VRS|1|A|G|153VRS|1|A|C|16s35
3VRS|1|A|G|153VRS|1|A|C|4cWW
3VRS|1|A|G|153VRS|1|A|G|15n0BP
3VRS|1|A|G|153VRS|1|A|G|5s55
3VRS|1|A|G|23VRS|1|A|C|17cWW
3VRS|1|A|G|23VRS|1|A|C|18s55
3VRS|1|A|G|23VRS|1|A|G|20BPh
3VRS|1|A|G|23VRS|1|A|G|3s35
3VRS|1|A|G|243VRS|1|A|A|6s55
3VRS|1|A|G|243VRS|1|A|C|25s35
3VRS|1|A|G|243VRS|1|A|C|37cWW
3VRS|1|A|G|243VRS|1|A|G|240BPh
3VRS|1|A|G|243VRS|1|A|U|38s55
3VRS|1|A|G|293VRS|1|A|A|31ns33
3VRS|1|A|G|293VRS|1|A|A|32tSH3BPh
3VRS|1|A|G|293VRS|1|A|A|33s55
3VRS|1|A|G|293VRS|1|A|G|290BPh
3VRS|1|A|G|293VRS|1|A|U|28s53
3VRS|1|A|G|33VRS|1|A|A|21tSS
3VRS|1|A|G|33VRS|1|A|C|16cWW
3VRS|1|A|G|33VRS|1|A|C|17s55
3VRS|1|A|G|33VRS|1|A|C|4s35
3VRS|1|A|G|33VRS|1|A|G|2s53
3VRS|1|A|G|33VRS|1|A|G|30BPh
3VRS|1|A|G|343VRS|1|A|A|33s53
3VRS|1|A|G|343VRS|1|A|C|27cWW
3VRS|1|A|G|343VRS|1|A|G|340BPh
3VRS|1|A|G|343VRS|1|A|G|35s35
3VRS|1|A|G|343VRS|1|A|U|28s55
3VRS|1|A|G|353VRS|1|A|C|26cWW
3VRS|1|A|G|353VRS|1|A|C|27s55
3VRS|1|A|G|353VRS|1|A|G|34s53
3VRS|1|A|G|353VRS|1|A|G|35n0BP
3VRS|1|A|G|353VRS|1|A|G|36s35
3VRS|1|A|G|363VRS|1|A|C|25cWW
3VRS|1|A|G|363VRS|1|A|C|26s55
3VRS|1|A|G|363VRS|1|A|C|37s35
3VRS|1|A|G|363VRS|1|A|G|35s53
3VRS|1|A|G|363VRS|1|A|G|360BPh
3VRS|1|A|G|393VRS|1|A|A|6s53
3VRS|1|A|G|393VRS|1|A|G|390BPh
3VRS|1|A|G|393VRS|1|A|U|38s53
3VRS|1|A|G|393VRS|1|A|U|41n1BP
3VRS|1|A|G|393VRS|1|A|U|7s353BPh
3VRS|1|A|G|423VRS|1|A|C|13cWW
3VRS|1|A|G|423VRS|1|A|C|14s55
3VRS|1|A|G|423VRS|1|A|G|420BPh
3VRS|1|A|G|423VRS|1|A|G|43s35
3VRS|1|A|G|423VRS|1|A|G|5s53
3VRS|1|A|G|433VRS|1|A|C|12cWW
3VRS|1|A|G|433VRS|1|A|C|13s55
3VRS|1|A|G|433VRS|1|A|C|44s35
3VRS|1|A|G|433VRS|1|A|G|42s53
3VRS|1|A|G|433VRS|1|A|G|430BPh
3VRS|1|A|G|53VRS|1|A|C|14cWW
3VRS|1|A|G|53VRS|1|A|C|4s53
3VRS|1|A|G|53VRS|1|A|G|15s55
3VRS|1|A|G|53VRS|1|A|G|42s35
3VRS|1|A|G|53VRS|1|A|G|50BPh
3VRS|1|A|G|523VRS|1|A|U|51s35
3VRS|1|A|G|83VRS|1|A|A|40s53
3VRS|1|A|G|83VRS|1|A|A|9s35
3VRS|1|A|G|83VRS|1|A|C|47cWW
3VRS|1|A|G|83VRS|1|A|G|80BPh
3VRS|1|A|G|83VRS|1|A|U|48s55
3VRS|1|A|U|233VRS|1|A|C|22s53
3VRS|1|A|U|233VRS|1|A|U|230BPh
3VRS|1|A|U|283VRS|1|A|A|33cWW
3VRS|1|A|U|283VRS|1|A|C|27s53
3VRS|1|A|U|283VRS|1|A|G|29s35
3VRS|1|A|U|283VRS|1|A|G|34s55
3VRS|1|A|U|283VRS|1|A|U|280BPh
3VRS|1|A|U|383VRS|1|A|A|6tWW
3VRS|1|A|U|383VRS|1|A|C|37s53
3VRS|1|A|U|383VRS|1|A|G|24s55
3VRS|1|A|U|383VRS|1|A|G|39s35
3VRS|1|A|U|383VRS|1|A|U|380BPh
3VRS|1|A|U|413VRS|1|A|C|44ntSH5BPh
3VRS|1|A|U|413VRS|1|A|U|410BPh
3VRS|1|A|U|463VRS|1|A|A|9cWW
3VRS|1|A|U|463VRS|1|A|C|45s53
3VRS|1|A|U|463VRS|1|A|C|47s35
3VRS|1|A|U|463VRS|1|A|G|10s55
3VRS|1|A|U|463VRS|1|A|U|460BPh
3VRS|1|A|U|483VRS|1|A|A|40tWH
3VRS|1|A|U|483VRS|1|A|A|49s35
3VRS|1|A|U|483VRS|1|A|C|47s53
3VRS|1|A|U|483VRS|1|A|G|8s55
3VRS|1|A|U|483VRS|1|A|U|480BPh
3VRS|1|A|U|513VRS|1|A|G|52s53
3VRS|1|A|U|513VRS|1|A|U|510BPh
3VRS|1|A|U|73VRS|1|A|A|40ns35
3VRS|1|A|U|73VRS|1|A|G|39s53
3VRS|1|A|U|73VRS|1|A|U|41n9BP
3VRS|1|A|U|73VRS|1|A|U|70BPh


Base-PairsCount (20)Relative Frequency
cWW150.750
tWW10.050
tWH10.050
tHS10.050
cSS10.050
tSS10.050
Base-PhosphateCount (49)Relative Frequency
3BPh20.041
5BPh10.020
9BPh10.020
0BPh450.918
Base-StackingCount (29)Relative Frequency
s53120.414
s55170.586

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)