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NDB ID: AR0014  PDB ID: 464D 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
464D|1|A|A|2464D|1|A|A|20BPh
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464D|1|A|C|4464D|1|A|G|3s53
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464D|1|A|C|6464D|1|A|U|5s53
464D|1|A|C|6464D|1|B|G|10s55
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464D|1|A|C|7464D|1|A|C|6s53
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464D|1|D|G|11464D|1|D|G|110BPh
464D|1|D|G|8464D|1|C|C|7cWW
464D|1|D|G|8464D|1|D|G|80BPh
464D|1|D|G|8464D|1|D|G|9s35
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464D|1|D|G|9464D|1|C|C|7s55
464D|1|D|G|9464D|1|D|G|10s35
464D|1|D|G|9464D|1|D|G|8s53
464D|1|D|G|9464D|1|D|G|90BPh


Base-PairsCount (12)Relative Frequency
cWW121.000
Base-PhosphateCount (26)Relative Frequency
0BPh261.000
Base-StackingCount (20)Relative Frequency
s53110.550
s5590.450

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)