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NDB ID: UR0010  PDB ID: 488D 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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488D|1|D|U|32|||L488D|1|B|A|33|||Ls35
488D|1|D|U|32|||L488D|1|D|A|33|||Ls35
488D|1|D|U|32|||L488D|1|D|U|32|||L0BPh


Base-PairsCount (30)Relative Frequency
cWW280.933
tHS20.067
Base-PhosphateCount (59)Relative Frequency
4BPh40.068
5BPh10.017
9BPh10.017
0BPh530.898
Base-StackingCount (69)Relative Frequency
s3360.087
s53410.594
s55220.319

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)