A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 29-Jun-2022 number of released structures: 12153
Search for released structures

NDB ID: NA2192  PDB ID: 4B3Q 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
4B3Q|1|R|A|104B3Q|1|R|A|100BPh
4B3Q|1|R|A|104B3Q|1|R|C|11s35
4B3Q|1|R|A|104B3Q|1|R|C|9s53
4B3Q|1|R|A|124B3Q|1|R|A|120BPh
4B3Q|1|R|A|124B3Q|1|R|A|13s35
4B3Q|1|R|A|124B3Q|1|R|C|11s53
4B3Q|1|R|A|134B3Q|1|R|A|12s53
4B3Q|1|R|A|134B3Q|1|R|A|130BPh
4B3Q|1|R|A|134B3Q|1|R|U|14s35
4B3Q|1|R|A|154B3Q|1|R|A|150BPh
4B3Q|1|R|A|154B3Q|1|R|A|16s35
4B3Q|1|R|A|154B3Q|1|R|U|14s53
4B3Q|1|R|A|164B3Q|1|R|A|15s53
4B3Q|1|R|A|164B3Q|1|R|A|160BPh
4B3Q|1|R|A|164B3Q|1|R|C|17s35
4B3Q|1|R|A|194B3Q|1|R|A|190BPh
4B3Q|1|R|A|194B3Q|1|R|U|18ns53
4B3Q|1|R|A|194B3Q|1|R|U|20s35
4B3Q|1|R|A|214B3Q|1|R|A|210BPh
4B3Q|1|R|A|214B3Q|1|R|G|22s35
4B3Q|1|R|A|214B3Q|1|R|U|20s53
4B3Q|1|R|A|254B3Q|1|R|A|250BPh
4B3Q|1|R|A|254B3Q|1|R|C|24s53
4B3Q|1|R|A|254B3Q|1|R|U|26s35
4B3Q|1|R|C|114B3Q|1|R|A|10s53
4B3Q|1|R|C|114B3Q|1|R|A|12s35
4B3Q|1|R|C|114B3Q|1|R|C|110BPh
4B3Q|1|R|C|174B3Q|1|R|A|16s53
4B3Q|1|R|C|174B3Q|1|R|C|170BPh
4B3Q|1|R|C|174B3Q|1|R|U|18s35
4B3Q|1|R|C|244B3Q|1|R|A|25s35
4B3Q|1|R|C|244B3Q|1|R|C|240BPh
4B3Q|1|R|C|244B3Q|1|R|G|23s53
4B3Q|1|R|C|84B3Q|1|R|C|80BPh
4B3Q|1|R|C|84B3Q|1|R|C|9s35
4B3Q|1|R|C|84B3Q|1|R|G|7s53
4B3Q|1|R|C|94B3Q|1|R|A|10s35
4B3Q|1|R|C|94B3Q|1|R|C|8s53
4B3Q|1|R|C|94B3Q|1|R|C|90BPh
4B3Q|1|R|G|224B3Q|1|R|A|21s53
4B3Q|1|R|G|224B3Q|1|R|G|220BPh
4B3Q|1|R|G|224B3Q|1|R|G|23s35
4B3Q|1|R|G|234B3Q|1|R|C|24s35
4B3Q|1|R|G|234B3Q|1|R|G|22s53
4B3Q|1|R|G|234B3Q|1|R|G|230BPh
4B3Q|1|R|G|64B3Q|1|R|G|60BPh
4B3Q|1|R|G|64B3Q|1|R|G|7s35
4B3Q|1|R|G|74B3Q|1|R|C|8s35
4B3Q|1|R|G|74B3Q|1|R|G|6s53
4B3Q|1|R|G|74B3Q|1|R|G|70BPh
4B3Q|1|R|U|144B3Q|1|R|A|13s53
4B3Q|1|R|U|144B3Q|1|R|A|15s35
4B3Q|1|R|U|144B3Q|1|R|U|140BPh
4B3Q|1|R|U|184B3Q|1|R|A|19ns35
4B3Q|1|R|U|184B3Q|1|R|C|17s53
4B3Q|1|R|U|184B3Q|1|R|U|180BPh
4B3Q|1|R|U|204B3Q|1|R|A|19s53
4B3Q|1|R|U|204B3Q|1|R|A|21s35
4B3Q|1|R|U|204B3Q|1|R|U|200BPh
4B3Q|1|R|U|264B3Q|1|R|A|25s53
4B3Q|1|R|U|264B3Q|1|R|U|260BPh


Base-PairsCount (0)Relative Frequency
Base-PhosphateCount (21)Relative Frequency
0BPh211.000
Base-StackingCount (7)Relative Frequency
s5371.000

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)