A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 29-Jun-2022 number of released structures: 12153
Search for released structures

NDB ID: 4X4S  PDB ID: 4X4S 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
4X4S|1|B|A|104X4S|1|B|A|100BPh
4X4S|1|B|A|104X4S|1|B|C|9s53
4X4S|1|B|A|104X4S|1|B|G|11s35
4X4S|1|B|A|104X4S|1|B|G|23s55
4X4S|1|B|A|104X4S|1|B|U|22cWW
4X4S|1|B|A|174X4S|1|B|A|17n0BP
4X4S|1|B|A|174X4S|1|B|C|20s35
4X4S|1|B|A|174X4S|1|B|U|13tHW
4X4S|1|B|A|174X4S|1|B|U|19
4X4S|1|B|A|354X4S|1|B|A|350BPh
4X4S|1|B|A|354X4S|1|B|C|34s53
4X4S|1|B|A|354X4S|1|B|C|36s35
4X4S|1|B|A|354X4S|1|B|G|1s55
4X4S|1|B|C|154X4S|1|B|C|150BPh
4X4S|1|B|C|154X4S|1|B|G|16s35
4X4S|1|B|C|204X4S|1|B|A|17s53
4X4S|1|B|C|204X4S|1|B|C|200BPh
4X4S|1|B|C|204X4S|1|B|C|21s35
4X4S|1|B|C|204X4S|1|B|G|12cWW
4X4S|1|B|C|204X4S|1|B|U|19n9BP
4X4S|1|B|C|214X4S|1|B|C|20s53
4X4S|1|B|C|214X4S|1|B|C|210BPh
4X4S|1|B|C|214X4S|1|B|G|11cWW
4X4S|1|B|C|214X4S|1|B|G|12s55
4X4S|1|B|C|214X4S|1|B|U|22s35
4X4S|1|B|C|244X4S|1|B|C|240BPh
4X4S|1|B|C|244X4S|1|B|C|25s35
4X4S|1|B|C|244X4S|1|B|G|23s53
4X4S|1|B|C|244X4S|1|B|G|8cWW
4X4S|1|B|C|254X4S|1|B|C|24s53
4X4S|1|B|C|254X4S|1|B|C|250BPh
4X4S|1|B|C|254X4S|1|B|G|26ns35
4X4S|1|B|C|254X4S|1|B|G|7cWW
4X4S|1|B|C|254X4S|1|B|G|8s55
4X4S|1|B|C|274X4S|1|B|C|270BPh
4X4S|1|B|C|274X4S|1|B|G|26s53
4X4S|1|B|C|274X4S|1|B|G|28s35
4X4S|1|B|C|274X4S|1|B|G|5cWW
4X4S|1|B|C|34X4S|1|B|C|30BPh
4X4S|1|B|C|34X4S|1|B|C|4s35
4X4S|1|B|C|34X4S|1|B|G|2s53
4X4S|1|B|C|34X4S|1|B|G|32cWW
4X4S|1|B|C|334X4S|1|B|C|330BPh
4X4S|1|B|C|334X4S|1|B|C|34s35
4X4S|1|B|C|334X4S|1|B|G|2cWW
4X4S|1|B|C|334X4S|1|B|G|32s53
4X4S|1|B|C|344X4S|1|B|A|35s35
4X4S|1|B|C|344X4S|1|B|C|33s53
4X4S|1|B|C|344X4S|1|B|C|340BPh
4X4S|1|B|C|344X4S|1|B|G|1cWW
4X4S|1|B|C|344X4S|1|B|G|2s55
4X4S|1|B|C|364X4S|1|B|A|35s53
4X4S|1|B|C|364X4S|1|B|C|360BPh
4X4S|1|B|C|374X4S|1|B|C|369BPh
4X4S|1|B|C|374X4S|1|B|C|370BPh
4X4S|1|B|C|44X4S|1|B|C|3s53
4X4S|1|B|C|44X4S|1|B|C|40BPh
4X4S|1|B|C|44X4S|1|B|G|28cWW
4X4S|1|B|C|44X4S|1|B|G|32s55
4X4S|1|B|C|44X4S|1|B|G|5s35
4X4S|1|B|C|64X4S|1|B|C|60BPh
4X4S|1|B|C|64X4S|1|B|G|26cWW
4X4S|1|B|C|64X4S|1|B|G|5s53
4X4S|1|B|C|64X4S|1|B|G|7s35
4X4S|1|B|C|94X4S|1|B|A|10s35
4X4S|1|B|C|94X4S|1|B|C|90BPh
4X4S|1|B|C|94X4S|1|B|G|23cWW
4X4S|1|B|C|94X4S|1|B|G|8s53
4X4S|1|B|G|14X4S|1|B|A|35s55
4X4S|1|B|G|14X4S|1|B|C|34cWW
4X4S|1|B|G|14X4S|1|B|G|10BPh
4X4S|1|B|G|14X4S|1|B|G|2s35
4X4S|1|B|G|114X4S|1|B|A|10s53
4X4S|1|B|G|114X4S|1|B|C|21cWW
4X4S|1|B|G|114X4S|1|B|G|110BPh
4X4S|1|B|G|114X4S|1|B|G|12s35
4X4S|1|B|G|114X4S|1|B|U|22s55
4X4S|1|B|G|124X4S|1|B|C|20cWW
4X4S|1|B|G|124X4S|1|B|C|21s55
4X4S|1|B|G|124X4S|1|B|G|11s53
4X4S|1|B|G|124X4S|1|B|G|120BPh
4X4S|1|B|G|124X4S|1|B|U|13s35
4X4S|1|B|G|164X4S|1|B|C|15s53
4X4S|1|B|G|164X4S|1|B|G|160BPh
4X4S|1|B|G|184X4S|1|B|G|180BPh
4X4S|1|B|G|184X4S|1|B|U|19s35
4X4S|1|B|G|24X4S|1|B|C|3s35
4X4S|1|B|G|24X4S|1|B|C|33cWW
4X4S|1|B|G|24X4S|1|B|C|34s55
4X4S|1|B|G|24X4S|1|B|G|1s53
4X4S|1|B|G|24X4S|1|B|G|20BPh
4X4S|1|B|G|234X4S|1|B|A|10s55
4X4S|1|B|G|234X4S|1|B|C|24s35
4X4S|1|B|G|234X4S|1|B|C|9cWW
4X4S|1|B|G|234X4S|1|B|G|230BPh
4X4S|1|B|G|234X4S|1|B|U|22s53
4X4S|1|B|G|264X4S|1|B|C|25ns53
4X4S|1|B|G|264X4S|1|B|C|27s35
4X4S|1|B|G|264X4S|1|B|C|6cWW
4X4S|1|B|G|264X4S|1|B|G|260BPh
4X4S|1|B|G|264X4S|1|B|G|7s55
4X4S|1|B|G|284X4S|1|B|C|27s53
4X4S|1|B|G|284X4S|1|B|C|4cWW
4X4S|1|B|G|284X4S|1|B|G|280BPh
4X4S|1|B|G|284X4S|1|B|G|32s35
4X4S|1|B|G|284X4S|1|B|G|5s55
4X4S|1|B|G|324X4S|1|B|C|3cWW
4X4S|1|B|G|324X4S|1|B|C|33s35
4X4S|1|B|G|324X4S|1|B|C|4s55
4X4S|1|B|G|324X4S|1|B|G|28s53
4X4S|1|B|G|324X4S|1|B|G|320BPh
4X4S|1|B|G|54X4S|1|B|C|27cWW
4X4S|1|B|G|54X4S|1|B|C|4s53
4X4S|1|B|G|54X4S|1|B|C|6s35
4X4S|1|B|G|54X4S|1|B|G|28s55
4X4S|1|B|G|54X4S|1|B|G|5n0BP
4X4S|1|B|G|74X4S|1|B|C|25cWW
4X4S|1|B|G|74X4S|1|B|C|6s53
4X4S|1|B|G|74X4S|1|B|G|26s55
4X4S|1|B|G|74X4S|1|B|G|8s35
4X4S|1|B|G|84X4S|1|B|C|24cWW
4X4S|1|B|G|84X4S|1|B|C|25s55
4X4S|1|B|G|84X4S|1|B|C|9s35
4X4S|1|B|G|84X4S|1|B|G|7s53
4X4S|1|B|U|134X4S|1|B|A|17tWH
4X4S|1|B|U|134X4S|1|B|G|12s53
4X4S|1|B|U|134X4S|1|B|U|130BPh
4X4S|1|B|U|134X4S|1|B|U|14s35
4X4S|1|B|U|144X4S|1|B|A|175BPh
4X4S|1|B|U|144X4S|1|B|U|13s53
4X4S|1|B|U|144X4S|1|B|U|140BPh
4X4S|1|B|U|194X4S|1|B|G|18s53n9BP
4X4S|1|B|U|194X4S|1|B|U|190BPh
4X4S|1|B|U|224X4S|1|B|A|10cWW
4X4S|1|B|U|224X4S|1|B|C|21s53
4X4S|1|B|U|224X4S|1|B|G|11s55
4X4S|1|B|U|224X4S|1|B|G|23s35
4X4S|1|B|U|224X4S|1|B|U|220BPh
4X4S|1|D|A|104X4S|1|D|A|100BPh
4X4S|1|D|A|104X4S|1|D|C|9s53
4X4S|1|D|A|104X4S|1|D|G|11s35
4X4S|1|D|A|104X4S|1|D|G|23s55
4X4S|1|D|A|104X4S|1|D|U|22cWW
4X4S|1|D|A|174X4S|1|D|G|16s53
4X4S|1|D|A|174X4S|1|D|U|19s35
4X4S|1|D|A|354X4S|1|D|A|350BPh
4X4S|1|D|A|354X4S|1|D|C|34s53
4X4S|1|D|A|354X4S|1|D|C|36s35
4X4S|1|D|A|354X4S|1|D|G|1s55
4X4S|1|D|C|154X4S|1|D|C|150BPh
4X4S|1|D|C|154X4S|1|D|G|16s35
4X4S|1|D|C|204X4S|1|D|C|200BPh
4X4S|1|D|C|204X4S|1|D|C|21s35
4X4S|1|D|C|204X4S|1|D|G|12cWW
4X4S|1|D|C|204X4S|1|D|U|19s53
4X4S|1|D|C|214X4S|1|D|C|20s53
4X4S|1|D|C|214X4S|1|D|C|210BPh
4X4S|1|D|C|214X4S|1|D|G|11ncWW
4X4S|1|D|C|214X4S|1|D|G|12s55
4X4S|1|D|C|214X4S|1|D|U|22s35
4X4S|1|D|C|244X4S|1|D|C|240BPh
4X4S|1|D|C|244X4S|1|D|C|25ns35
4X4S|1|D|C|244X4S|1|D|G|23s53
4X4S|1|D|C|244X4S|1|D|G|8cWW
4X4S|1|D|C|254X4S|1|D|C|24ns53
4X4S|1|D|C|254X4S|1|D|C|250BPh
4X4S|1|D|C|254X4S|1|D|G|7cWW
4X4S|1|D|C|254X4S|1|D|G|8s55
4X4S|1|D|C|34X4S|1|D|C|30BPh
4X4S|1|D|C|34X4S|1|D|C|4s35
4X4S|1|D|C|34X4S|1|D|G|2s53
4X4S|1|D|C|34X4S|1|D|G|32cWW
4X4S|1|D|C|334X4S|1|D|C|330BPh
4X4S|1|D|C|334X4S|1|D|C|34s35
4X4S|1|D|C|334X4S|1|D|G|2cWW
4X4S|1|D|C|334X4S|1|D|G|32s53
4X4S|1|D|C|344X4S|1|D|A|35s35
4X4S|1|D|C|344X4S|1|D|C|33s53
4X4S|1|D|C|344X4S|1|D|C|340BPh
4X4S|1|D|C|344X4S|1|D|G|1cWW
4X4S|1|D|C|344X4S|1|D|G|2s55
4X4S|1|D|C|364X4S|1|D|A|35s53
4X4S|1|D|C|364X4S|1|D|C|360BPh
4X4S|1|D|C|374X4S|1|D|C|36n7BP
4X4S|1|D|C|374X4S|1|D|C|370BPh
4X4S|1|D|C|44X4S|1|D|C|3s53
4X4S|1|D|C|44X4S|1|D|C|40BPh
4X4S|1|D|C|44X4S|1|D|G|32s55
4X4S|1|D|C|44X4S|1|D|G|5s35
4X4S|1|D|C|64X4S|1|D|C|60BPh
4X4S|1|D|C|64X4S|1|D|G|5s53
4X4S|1|D|C|64X4S|1|D|G|7s35
4X4S|1|D|C|94X4S|1|D|A|10s35
4X4S|1|D|C|94X4S|1|D|C|90BPh
4X4S|1|D|C|94X4S|1|D|G|23cWW
4X4S|1|D|C|94X4S|1|D|G|8s53
4X4S|1|D|G|14X4S|1|D|A|35s55
4X4S|1|D|G|14X4S|1|D|C|34cWW
4X4S|1|D|G|14X4S|1|D|G|10BPh
4X4S|1|D|G|14X4S|1|D|G|2s35
4X4S|1|D|G|114X4S|1|D|A|10s53
4X4S|1|D|G|114X4S|1|D|C|21ncWW
4X4S|1|D|G|114X4S|1|D|G|110BPh
4X4S|1|D|G|114X4S|1|D|G|12s35
4X4S|1|D|G|114X4S|1|D|U|22s55
4X4S|1|D|G|124X4S|1|D|C|20cWW
4X4S|1|D|G|124X4S|1|D|C|21s55
4X4S|1|D|G|124X4S|1|D|G|11s53
4X4S|1|D|G|124X4S|1|D|G|120BPh
4X4S|1|D|G|124X4S|1|D|U|13s35
4X4S|1|D|G|124X4S|1|D|U|19ntWH
4X4S|1|D|G|164X4S|1|D|A|17s35
4X4S|1|D|G|164X4S|1|D|C|15s53
4X4S|1|D|G|164X4S|1|D|G|160BPh
4X4S|1|D|G|24X4S|1|D|C|3s35
4X4S|1|D|G|24X4S|1|D|C|33cWW
4X4S|1|D|G|24X4S|1|D|C|34s55
4X4S|1|D|G|24X4S|1|D|G|1s53
4X4S|1|D|G|24X4S|1|D|G|20BPh
4X4S|1|D|G|234X4S|1|D|A|10s55
4X4S|1|D|G|234X4S|1|D|C|24s35
4X4S|1|D|G|234X4S|1|D|C|9cWW
4X4S|1|D|G|234X4S|1|D|G|230BPh
4X4S|1|D|G|234X4S|1|D|U|22s53
4X4S|1|D|G|324X4S|1|D|C|3cWW
4X4S|1|D|G|324X4S|1|D|C|33s35
4X4S|1|D|G|324X4S|1|D|C|4s55
4X4S|1|D|G|324X4S|1|D|G|32n0BP
4X4S|1|D|G|324X4S|1|D|G|5s55
4X4S|1|D|G|54X4S|1|D|C|4s53
4X4S|1|D|G|54X4S|1|D|C|6s35
4X4S|1|D|G|54X4S|1|D|G|32s55
4X4S|1|D|G|74X4S|1|D|C|25cWW
4X4S|1|D|G|74X4S|1|D|C|6s53
4X4S|1|D|G|74X4S|1|D|G|70BPh
4X4S|1|D|G|74X4S|1|D|G|8s35
4X4S|1|D|G|84X4S|1|D|C|24cWW
4X4S|1|D|G|84X4S|1|D|C|25s55
4X4S|1|D|G|84X4S|1|D|C|9s35
4X4S|1|D|G|84X4S|1|D|G|7s53
4X4S|1|D|G|84X4S|1|D|G|8n0BP
4X4S|1|D|U|134X4S|1|D|G|12s53
4X4S|1|D|U|134X4S|1|D|U|130BPh
4X4S|1|D|U|134X4S|1|D|U|14s35
4X4S|1|D|U|134X4S|1|D|U|19ncWW
4X4S|1|D|U|144X4S|1|D|A|175BPh
4X4S|1|D|U|144X4S|1|D|U|13s53
4X4S|1|D|U|144X4S|1|D|U|140BPh
4X4S|1|D|U|194X4S|1|D|A|17s53
4X4S|1|D|U|194X4S|1|D|C|20s35
4X4S|1|D|U|194X4S|1|D|G|12ntHW
4X4S|1|D|U|194X4S|1|D|U|13ncWW
4X4S|1|D|U|194X4S|1|D|U|190BPh
4X4S|1|D|U|224X4S|1|D|A|10cWW
4X4S|1|D|U|224X4S|1|D|C|21s53
4X4S|1|D|U|224X4S|1|D|G|11s55
4X4S|1|D|U|224X4S|1|D|G|23s35


Base-PairsCount (21)Relative Frequency
cWW200.952
tWH10.048
Base-PhosphateCount (58)Relative Frequency
5BPh20.034
9BPh10.017
0BPh550.948
Base-StackingCount (36)Relative Frequency
s53190.528
s55170.472

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

ndbadmin@ndbserver.rutgers.edui ©1995-2022 The Nucleic Acid Database Project | Rutgers, The State University of New Jersey