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As of 23-Nov-2022 number of released structures: 12471
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NDB ID: 4X4T  PDB ID: 4X4T 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
4X4T|1|B|A|104X4T|1|B|A|100BPh
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4X4T|1|D|G|84X4T|1|D|C|25s55
4X4T|1|D|G|84X4T|1|D|C|9s35
4X4T|1|D|G|84X4T|1|D|G|7s53
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4X4T|1|D|U|194X4T|1|D|A|17s53
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4X4T|1|D|U|194X4T|1|D|U|190BPh
4X4T|1|G|A|29||A4X4T|1|G|A|29||A0BPh
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4X4T|1|G|A|29||A4X4T|1|G|G|28||As53
4X4T|1|G|C|24||A4X4T|1|G|C|24||A0BPh
4X4T|1|G|C|24||A4X4T|1|G|C|25||As35
4X4T|1|G|C|24||A4X4T|1|G|G|23||As53
4X4T|1|G|C|24||A4X4T|1|G|G|8||AcWW
4X4T|1|G|C|25||A4X4T|1|G|C|24||As53
4X4T|1|G|C|25||A4X4T|1|G|C|25||An0BP
4X4T|1|G|C|25||A4X4T|1|G|G|26||As35
4X4T|1|G|C|25||A4X4T|1|G|G|7||AcWW
4X4T|1|G|C|25||A4X4T|1|G|G|8||Ans55
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4X4T|1|G|C|27||A4X4T|1|G|G|26||As53
4X4T|1|G|C|27||A4X4T|1|G|G|28||As35
4X4T|1|G|C|27||A4X4T|1|G|G|5||AcWW
4X4T|1|G|C|31||A4X4T|1|G|C|31||A0BPh
4X4T|1|G|C|31||A4X4T|1|G|G|1||AcWW
4X4T|1|G|C|31||A4X4T|1|G|G|2||Ans55
4X4T|1|G|C|3||A4X4T|1|G|A|29||AncWW
4X4T|1|G|C|3||A4X4T|1|G|C|3||A0BPh
4X4T|1|G|C|3||A4X4T|1|G|C|4||As35
4X4T|1|G|C|3||A4X4T|1|G|G|2||As53
4X4T|1|G|C|4||A4X4T|1|G|C|3||As53
4X4T|1|G|C|4||A4X4T|1|G|C|4||A0BPh
4X4T|1|G|C|4||A4X4T|1|G|G|28||AcWW
4X4T|1|G|C|4||A4X4T|1|G|G|5||As35
4X4T|1|G|C|6||A4X4T|1|G|C|6||A0BPh
4X4T|1|G|C|6||A4X4T|1|G|G|26||AcWW
4X4T|1|G|C|6||A4X4T|1|G|G|5||As53
4X4T|1|G|C|6||A4X4T|1|G|G|7||As35
4X4T|1|G|C|9||A4X4T|1|G|C|9||A0BPh
4X4T|1|G|C|9||A4X4T|1|G|G|23||AcWW
4X4T|1|G|C|9||A4X4T|1|G|G|8||As53
4X4T|1|G|G|1||A4X4T|1|G|C|31||AcWW
4X4T|1|G|G|1||A4X4T|1|G|G|1||A0BPh
4X4T|1|G|G|1||A4X4T|1|G|G|2||As35
4X4T|1|G|G|23||A4X4T|1|G|C|24||As35
4X4T|1|G|G|23||A4X4T|1|G|C|9||AcWW
4X4T|1|G|G|23||A4X4T|1|G|G|23||A0BPh
4X4T|1|G|G|26||A4X4T|1|G|C|25||As53
4X4T|1|G|G|26||A4X4T|1|G|C|27||As35
4X4T|1|G|G|26||A4X4T|1|G|C|6||AcWW
4X4T|1|G|G|26||A4X4T|1|G|G|26||A0BPh
4X4T|1|G|G|26||A4X4T|1|G|G|7||As55
4X4T|1|G|G|28||A4X4T|1|G|A|29||As35
4X4T|1|G|G|28||A4X4T|1|G|C|27||As53
4X4T|1|G|G|28||A4X4T|1|G|C|4||AcWW
4X4T|1|G|G|28||A4X4T|1|G|G|28||A0BPh
4X4T|1|G|G|28||A4X4T|1|G|G|5||As55
4X4T|1|G|G|2||A4X4T|1|G|C|31||Ans55
4X4T|1|G|G|2||A4X4T|1|G|C|3||As35
4X4T|1|G|G|2||A4X4T|1|G|G|1||As53
4X4T|1|G|G|2||A4X4T|1|G|G|2||A0BPh
4X4T|1|G|G|5||A4X4T|1|G|C|27||AcWW
4X4T|1|G|G|5||A4X4T|1|G|C|4||As53
4X4T|1|G|G|5||A4X4T|1|G|C|6||As35
4X4T|1|G|G|5||A4X4T|1|G|G|28||As55
4X4T|1|G|G|5||A4X4T|1|G|G|5||A0BPh
4X4T|1|G|G|7||A4X4T|1|G|C|25||AcWW
4X4T|1|G|G|7||A4X4T|1|G|C|6||As53
4X4T|1|G|G|7||A4X4T|1|G|G|26||As55
4X4T|1|G|G|7||A4X4T|1|G|G|7||A0BPh
4X4T|1|G|G|7||A4X4T|1|G|G|8||As35
4X4T|1|G|G|8||A4X4T|1|G|C|24||AcWW
4X4T|1|G|G|8||A4X4T|1|G|C|25||Ans55
4X4T|1|G|G|8||A4X4T|1|G|C|9||As35
4X4T|1|G|G|8||A4X4T|1|G|G|7||As53
4X4T|1|G|G|8||A4X4T|1|G|G|8||A0BPh
4X4T|1|H|C|14X4T|1|D|A|17ns55
4X4T|1|H|C|14X4T|1|D|G|16cWW
4X4T|1|H|C|14X4T|1|H|C|10BPh
4X4T|1|H|C|14X4T|1|H|G|2s35
4X4T|1|H|G|24X4T|1|D|C|15cWW
4X4T|1|H|G|24X4T|1|D|G|16s55
4X4T|1|H|G|24X4T|1|H|C|1s53
4X4T|1|H|G|24X4T|1|H|G|20BPh
4X4T|1|I|G|14X4T|1|B|A|17s55n3BP
4X4T|1|I|G|14X4T|1|B|G|16s33
4X4T|1|I|G|14X4T|1|B|U|14tWS
4X4T|1|I|G|14X4T|1|B|U|19
4X4T|1|I|G|24X4T|1|B|C|15cWW
4X4T|1|I|G|24X4T|1|B|G|16s55
4X4T|1|I|G|24X4T|1|I|G|20BPh


Base-PairsCount (33)Relative Frequency
cWW320.970
tWS10.030
Base-PhosphateCount (70)Relative Frequency
5BPh20.029
0BPh680.971
Base-StackingCount (42)Relative Frequency
s3310.024
s53220.524
s55190.452

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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