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As of 12-Aug-2022 number of released structures: 12231
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NDB ID: 5CD1  PDB ID: 5CD1 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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5CD1|1|N|U|205CD1|1|N|A|14ns35
5CD1|1|N|U|205CD1|1|N|A|79BPh
5CD1|1|N|U|205CD1|1|N|G|15n5BP
5CD1|1|N|U|275CD1|1|N|A|26s53
5CD1|1|N|U|275CD1|1|N|A|43cWW
5CD1|1|N|U|275CD1|1|N|C|28s35
5CD1|1|N|U|275CD1|1|N|G|44ns55
5CD1|1|N|U|275CD1|1|N|U|270BPh
5CD1|1|N|U|335CD1|1|N|A|37cWW
5CD1|1|N|U|335CD1|1|N|A|38ns55
5CD1|1|N|U|335CD1|1|N|C|32s53
5CD1|1|N|U|335CD1|1|N|U|330BPh
5CD1|1|N|U|335CD1|1|N|U|35s35
5CD1|1|N|U|345CD1|1|N|A|37ntSS
5CD1|1|N|U|345CD1|1|N|A|38
5CD1|1|N|U|345CD1|1|N|U|340BPh
5CD1|1|N|U|355CD1|1|N|A|37s55
5CD1|1|N|U|355CD1|1|N|U|33s53
5CD1|1|N|U|355CD1|1|N|U|34
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5CD1|1|N|U|395CD1|1|N|A|38s53
5CD1|1|N|U|395CD1|1|N|C|40s35
5CD1|1|N|U|395CD1|1|N|U|390BPh
5CD1|1|N|U|415CD1|1|N|A|29cWW
5CD1|1|N|U|415CD1|1|N|C|40s53
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5CD1|1|N|U|475CD1|1|N|G|46
5CD1|1|N|U|475CD1|1|N|U|470BPh
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5CD1|1|N|U|545CD1|1|N|G|53s53
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5CD1|1|N|U|555CD1|1|N|U|54s53
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5CD1|1|N|U|605CD1|1|N|U|600BPh
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5CD1|1|N|U|645CD1|1|N|C|63s53
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5CD1|1|N|U|665CD1|1|N|A|7cWW
5CD1|1|N|U|665CD1|1|N|G|65s53
5CD1|1|N|U|665CD1|1|N|U|660BPh
5CD1|1|N|U|665CD1|1|N|U|67s35
5CD1|1|N|U|675CD1|1|N|C|68s35
5CD1|1|N|U|675CD1|1|N|G|6cWW
5CD1|1|N|U|675CD1|1|N|U|66s53
5CD1|1|N|U|675CD1|1|N|U|670BPh
5CD1|1|N|U|85CD1|1|N|C|48ns55
5CD1|1|N|U|85CD1|1|N|U|80BPh


Base-PairsCount (49)Relative Frequency
cWW470.959
tWH20.041
Base-PhosphateCount (108)Relative Frequency
5BPh10.009
9BPh10.009
0BPh1060.981
Base-StackingCount (71)Relative Frequency
s3370.099
s53360.507
s55280.394

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)