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NDB ID: 5D0B  PDB ID: 5D0B 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
5D0B|1|F|A|295D0B|1|F|A|290BPh
5D0B|1|F|A|295D0B|1|F|C|28s53
5D0B|1|F|A|295D0B|1|F|G|30s35
5D0B|1|F|A|295D0B|1|F|G|42s55
5D0B|1|F|A|295D0B|1|F|U|41cWW
5D0B|1|F|A|315D0B|1|F|A|310BPh
5D0B|1|F|A|315D0B|1|F|A|38
5D0B|1|F|A|315D0B|1|F|C|32s35
5D0B|1|F|A|315D0B|1|F|C|40ns55
5D0B|1|F|A|315D0B|1|F|G|30s53
5D0B|1|F|A|315D0B|1|F|U|39cWW
5D0B|1|F|A|365D0B|1|F|A|360BPh
5D0B|1|F|A|365D0B|1|F|A|37s55
5D0B|1|F|A|365D0B|1|F|U|35cHS
5D0B|1|F|A|375D0B|1|F|A|36s55
5D0B|1|F|A|375D0B|1|F|A|38s35
5D0B|1|F|A|375D0B|1|F|U|33cWW
5D0B|1|F|A|385D0B|1|F|A|31
5D0B|1|F|A|385D0B|1|F|A|37s53
5D0B|1|F|A|385D0B|1|F|C|32cWW
5D0B|1|F|A|385D0B|1|F|U|39s35
5D0B|1|F|C|285D0B|1|F|A|29s35
5D0B|1|F|C|285D0B|1|F|C|280BPh
5D0B|1|F|C|285D0B|1|F|G|27s53
5D0B|1|F|C|285D0B|1|F|G|42cWW
5D0B|1|F|C|325D0B|1|F|A|31s53
5D0B|1|F|C|325D0B|1|F|A|38cWW
5D0B|1|F|C|325D0B|1|F|C|320BPh
5D0B|1|F|C|325D0B|1|F|U|33s35
5D0B|1|F|C|405D0B|1|F|A|31ns55
5D0B|1|F|C|405D0B|1|F|C|400BPh
5D0B|1|F|C|405D0B|1|F|G|30cWW
5D0B|1|F|C|405D0B|1|F|U|39s53
5D0B|1|F|C|405D0B|1|F|U|41s35
5D0B|1|F|C|435D0B|1|F|C|430BPh
5D0B|1|F|C|435D0B|1|F|G|27cWW
5D0B|1|F|C|435D0B|1|F|G|42s53
5D0B|1|F|G|275D0B|1|F|C|28s35
5D0B|1|F|G|275D0B|1|F|C|43cWW
5D0B|1|F|G|305D0B|1|F|A|29s53
5D0B|1|F|G|305D0B|1|F|A|31s35
5D0B|1|F|G|305D0B|1|F|C|40cWW
5D0B|1|F|G|305D0B|1|F|G|300BPh
5D0B|1|F|G|305D0B|1|F|U|41s55
5D0B|1|F|G|425D0B|1|F|A|29s55
5D0B|1|F|G|425D0B|1|F|C|28cWW
5D0B|1|F|G|425D0B|1|F|C|43s35
5D0B|1|F|G|425D0B|1|F|G|420BPh
5D0B|1|F|G|425D0B|1|F|U|41s53
5D0B|1|F|U|335D0B|1|F|A|37cWW
5D0B|1|F|U|335D0B|1|F|C|32s53
5D0B|1|F|U|335D0B|1|F|U|330BPh
5D0B|1|F|U|335D0B|1|F|U|35s35
5D0B|1|F|U|355D0B|1|F|A|36cSH
5D0B|1|F|U|355D0B|1|F|U|33s53
5D0B|1|F|U|395D0B|1|F|A|31cWW
5D0B|1|F|U|395D0B|1|F|A|38s53
5D0B|1|F|U|395D0B|1|F|C|40s35
5D0B|1|F|U|395D0B|1|F|U|390BPh
5D0B|1|F|U|415D0B|1|F|A|29cWW
5D0B|1|F|U|415D0B|1|F|C|40s53
5D0B|1|F|U|415D0B|1|F|G|30s55
5D0B|1|F|U|415D0B|1|F|G|42s35
5D0B|1|F|U|415D0B|1|F|U|410BPh


Base-PairsCount (8)Relative Frequency
cWW70.875
cHS10.125
Base-PhosphateCount (12)Relative Frequency
0BPh121.000
Base-StackingCount (9)Relative Frequency
s5360.667
s5530.333

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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