NDB ID: 5D0B PDB ID: 5D0B 
RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions
CSV FormatNucleotide 1 | Nucleotide 2 | Base-Pairs | Base-Stacking | Base-Phosphate |
---|
5D0B|1|F|A|29 | 5D0B|1|F|A|29 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|A|29 | 5D0B|1|F|C|28 | | s53 | |
5D0B|1|F|A|29 | 5D0B|1|F|G|30 | | s35 | |
5D0B|1|F|A|29 | 5D0B|1|F|G|42 | | s55 | |
5D0B|1|F|A|29 | 5D0B|1|F|U|41 | cWW | | |
5D0B|1|F|A|31 | 5D0B|1|F|A|31 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|A|31 | 5D0B|1|F|A|38 | | | |
5D0B|1|F|A|31 | 5D0B|1|F|C|32 | | s35 | |
5D0B|1|F|A|31 | 5D0B|1|F|C|40 | | ns55 | |
5D0B|1|F|A|31 | 5D0B|1|F|G|30 | | s53 | |
5D0B|1|F|A|31 | 5D0B|1|F|U|39 | cWW | | |
5D0B|1|F|A|36 | 5D0B|1|F|A|36 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|A|36 | 5D0B|1|F|A|37 | | s55 | |
5D0B|1|F|A|36 | 5D0B|1|F|U|35 | cHS | | |
5D0B|1|F|A|37 | 5D0B|1|F|A|36 | | s55 | |
5D0B|1|F|A|37 | 5D0B|1|F|A|38 | | s35 | |
5D0B|1|F|A|37 | 5D0B|1|F|U|33 | cWW | | |
5D0B|1|F|A|38 | 5D0B|1|F|A|31 | | | |
5D0B|1|F|A|38 | 5D0B|1|F|A|37 | | s53 | |
5D0B|1|F|A|38 | 5D0B|1|F|C|32 | cWW | | |
5D0B|1|F|A|38 | 5D0B|1|F|U|39 | | s35 | |
5D0B|1|F|C|28 | 5D0B|1|F|A|29 | | s35 | |
5D0B|1|F|C|28 | 5D0B|1|F|C|28 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|C|28 | 5D0B|1|F|G|27 | | s53 | |
5D0B|1|F|C|28 | 5D0B|1|F|G|42 | cWW | | |
5D0B|1|F|C|32 | 5D0B|1|F|A|31 | | s53 | |
5D0B|1|F|C|32 | 5D0B|1|F|A|38 | cWW | | |
5D0B|1|F|C|32 | 5D0B|1|F|C|32 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|C|32 | 5D0B|1|F|U|33 | | s35 | |
5D0B|1|F|C|40 | 5D0B|1|F|A|31 | | ns55 | |
5D0B|1|F|C|40 | 5D0B|1|F|C|40 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|C|40 | 5D0B|1|F|G|30 | cWW | | |
5D0B|1|F|C|40 | 5D0B|1|F|U|39 | | s53 | |
5D0B|1|F|C|40 | 5D0B|1|F|U|41 | | s35 | |
5D0B|1|F|C|43 | 5D0B|1|F|C|43 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|C|43 | 5D0B|1|F|G|27 | cWW | | |
5D0B|1|F|C|43 | 5D0B|1|F|G|42 | | s53 | |
5D0B|1|F|G|27 | 5D0B|1|F|C|28 | | s35 | |
5D0B|1|F|G|27 | 5D0B|1|F|C|43 | cWW | | |
5D0B|1|F|G|30 | 5D0B|1|F|A|29 | | s53 | |
5D0B|1|F|G|30 | 5D0B|1|F|A|31 | | s35 | |
5D0B|1|F|G|30 | 5D0B|1|F|C|40 | cWW | | |
5D0B|1|F|G|30 | 5D0B|1|F|G|30 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|G|30 | 5D0B|1|F|U|41 | | s55 | |
5D0B|1|F|G|42 | 5D0B|1|F|A|29 | | s55 | |
5D0B|1|F|G|42 | 5D0B|1|F|C|28 | cWW | | |
5D0B|1|F|G|42 | 5D0B|1|F|C|43 | | s35 | |
5D0B|1|F|G|42 | 5D0B|1|F|G|42 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|G|42 | 5D0B|1|F|U|41 | | s53 | |
5D0B|1|F|U|33 | 5D0B|1|F|A|37 | cWW | | |
5D0B|1|F|U|33 | 5D0B|1|F|C|32 | | s53 | |
5D0B|1|F|U|33 | 5D0B|1|F|U|33 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|U|33 | 5D0B|1|F|U|35 | | s35 | |
5D0B|1|F|U|35 | 5D0B|1|F|A|36 | cSH | | |
5D0B|1|F|U|35 | 5D0B|1|F|U|33 | | s53 | |
5D0B|1|F|U|39 | 5D0B|1|F|A|31 | cWW | | |
5D0B|1|F|U|39 | 5D0B|1|F|A|38 | | s53 | |
5D0B|1|F|U|39 | 5D0B|1|F|C|40 | | s35 | |
5D0B|1|F|U|39 | 5D0B|1|F|U|39 | | | 0BPh |
5D0B|1|F|U|41 | 5D0B|1|F|A|29 | cWW | | |
5D0B|1|F|U|41 | 5D0B|1|F|C|40 | | s53 | |
5D0B|1|F|U|41 | 5D0B|1|F|G|30 | | s55 | |
5D0B|1|F|U|41 | 5D0B|1|F|G|42 | | s35 | |
5D0B|1|F|U|41 | 5D0B|1|F|U|41 | | | 0BPh |
Base-Pairs | Count (8) | Relative Frequency |
---|
cWW | 7 | 0.875 |
cHS | 1 | 0.125 |
Base-Phosphate | Count (12) | Relative Frequency |
---|
0BPh | 12 | 1.000 |
Base-Stacking | Count (9) | Relative Frequency |
---|
s53 | 6 | 0.667 |
s55 | 3 | 0.333 |