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As of 12-Aug-2022 number of released structures: 12231
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NDB ID: 5DE8  PDB ID: 5DE8 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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5DE8|1|C|G|65DE8|1|C|A|17s55
5DE8|1|C|G|65DE8|1|C|G|12s33
5DE8|1|C|G|65DE8|1|C|G|16ns33
5DE8|1|C|G|65DE8|1|C|G|18cHW
5DE8|1|C|G|65DE8|1|C|G|9cWH
5DE8|1|C|G|65DE8|1|C|U|8s53
5DE8|1|C|G|75DE8|1|C|C|30cWW
5DE8|1|C|G|75DE8|1|C|C|5ns53
5DE8|1|C|G|75DE8|1|C|G|31s55
5DE8|1|C|G|75DE8|1|C|G|6n0BP
5DE8|1|C|G|75DE8|1|C|U|8s35
5DE8|1|C|G|95DE8|1|C|G|12ns33
5DE8|1|C|G|95DE8|1|C|G|25s33
5DE8|1|C|G|95DE8|1|C|G|26cWH
5DE8|1|C|G|95DE8|1|C|G|29s55
5DE8|1|C|G|95DE8|1|C|G|6cHW
5DE8|1|C|G|95DE8|1|C|G|9n0BP
5DE8|1|C|G|95DE8|1|C|U|8s53
5DE8|1|C|U|105DE8|1|C|U|100BPh
5DE8|1|C|U|195DE8|1|C|U|19
5DE8|1|C|U|235DE8|1|C|U|27ns35
5DE8|1|C|U|275DE8|1|C|U|23ns53
5DE8|1|C|U|275DE8|1|C|U|27n0BP
5DE8|1|C|U|285DE8|1|C|A|17ntWS
5DE8|1|C|U|285DE8|1|C|G|18ns55
5DE8|1|C|U|285DE8|1|C|G|26ns55
5DE8|1|C|U|285DE8|1|C|U|280BPh
5DE8|1|C|U|35DE8|1|C|A|33cWW
5DE8|1|C|U|35DE8|1|C|C|2s53
5DE8|1|C|U|35DE8|1|C|G|34s55
5DE8|1|C|U|35DE8|1|C|G|4s35
5DE8|1|C|U|35DE8|1|C|U|30BPh
5DE8|1|C|U|85DE8|1|C|C|30s55
5DE8|1|C|U|85DE8|1|C|G|29cWW
5DE8|1|C|U|85DE8|1|C|G|6s35
5DE8|1|C|U|85DE8|1|C|G|7s53
5DE8|1|C|U|85DE8|1|C|G|9s35
5DE8|1|C|U|85DE8|1|C|U|80BPh


Base-PairsCount (38)Relative Frequency
cWW140.368
cWH240.632
Base-PhosphateCount (46)Relative Frequency
1BPh10.022
0BPh450.978
Base-StackingCount (52)Relative Frequency
s33130.250
s53210.404
s55180.346

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)