A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 16-Oct-2019 number of released structures: 10422
Search for released structures

NDB ID: 5NZ6  PDB ID: 5NZ6 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
5NZ6|1|A|A|195NZ6|1|A|A|190BPh
5NZ6|1|A|A|195NZ6|1|A|A|35s55
5NZ6|1|A|A|195NZ6|1|A|A|5tHW
5NZ6|1|A|A|195NZ6|1|A|C|20s35
5NZ6|1|A|A|195NZ6|1|A|G|34cWS
5NZ6|1|A|A|195NZ6|1|A|U|18s53
5NZ6|1|A|A|275NZ6|1|A|A|270BPh
5NZ6|1|A|A|275NZ6|1|A|G|23ncSS
5NZ6|1|A|A|275NZ6|1|A|G|3ns35
5NZ6|1|A|A|275NZ6|1|A|U|25s55
5NZ6|1|A|A|305NZ6|1|A|A|30n2BP
5NZ6|1|A|A|305NZ6|1|A|C|31s55
5NZ6|1|A|A|325NZ6|1|A|A|32n0BP
5NZ6|1|A|A|325NZ6|1|A|A|33s35
5NZ6|1|A|A|325NZ6|1|A|C|21
5NZ6|1|A|A|325NZ6|1|A|C|31s53
5NZ6|1|A|A|325NZ6|1|A|G|29tWS
5NZ6|1|A|A|335NZ6|1|A|A|32s53
5NZ6|1|A|A|335NZ6|1|A|A|330BPh
5NZ6|1|A|A|335NZ6|1|A|A|5ntSS
5NZ6|1|A|A|335NZ6|1|A|G|34s35
5NZ6|1|A|A|355NZ6|1|A|A|19s55
5NZ6|1|A|A|355NZ6|1|A|A|350BPh
5NZ6|1|A|A|355NZ6|1|A|C|36s35
5NZ6|1|A|A|355NZ6|1|A|G|7ncHW
5NZ6|1|A|A|355NZ6|1|A|U|18cWW
5NZ6|1|A|A|55NZ6|1|A|A|19tWH
5NZ6|1|A|A|55NZ6|1|A|A|33ntSS
5NZ6|1|A|A|55NZ6|1|A|A|50BPh
5NZ6|1|A|A|55NZ6|1|A|C|20ns55
5NZ6|1|A|A|55NZ6|1|A|C|6s35n0BP
5NZ6|1|A|A|55NZ6|1|A|G|29s53
5NZ6|1|A|A|55NZ6|1|A|U|18ns33
5NZ6|1|A|A|85NZ6|1|A|A|80BPh
5NZ6|1|A|A|85NZ6|1|A|G|37ncWH
5NZ6|1|A|A|85NZ6|1|A|G|7s53
5NZ6|1|A|A|85NZ6|1|A|G|9s35
5NZ6|1|A|C|15NZ6|1|A|C|1n0BP
5NZ6|1|A|C|15NZ6|1|A|G|24cWW
5NZ6|1|A|C|135NZ6|1|A|C|130BPh
5NZ6|1|A|C|135NZ6|1|A|C|41ns55
5NZ6|1|A|C|135NZ6|1|A|G|12s53
5NZ6|1|A|C|135NZ6|1|A|G|14s35
5NZ6|1|A|C|135NZ6|1|A|G|40cWW
5NZ6|1|A|C|135NZ6|1|A|U|11ns35
5NZ6|1|A|C|155NZ6|1|A|C|150BPh
5NZ6|1|A|C|155NZ6|1|A|C|16s35
5NZ6|1|A|C|155NZ6|1|A|G|14s53
5NZ6|1|A|C|155NZ6|1|A|G|38cWW
5NZ6|1|A|C|165NZ6|1|A|C|15s53
5NZ6|1|A|C|165NZ6|1|A|G|17ns35
5NZ6|1|A|C|165NZ6|1|A|G|37cWW
5NZ6|1|A|C|165NZ6|1|A|G|38s55
5NZ6|1|A|C|205NZ6|1|A|A|19s538BPh
5NZ6|1|A|C|205NZ6|1|A|A|5ns55
5NZ6|1|A|C|205NZ6|1|A|C|200BPh
5NZ6|1|A|C|205NZ6|1|A|C|21s35
5NZ6|1|A|C|205NZ6|1|A|G|29cWW
5NZ6|1|A|C|215NZ6|1|A|C|20s53
5NZ6|1|A|C|215NZ6|1|A|C|210BPh
5NZ6|1|A|C|215NZ6|1|A|C|22s35
5NZ6|1|A|C|215NZ6|1|A|G|29s55
5NZ6|1|A|C|215NZ6|1|A|G|4cWW
5NZ6|1|A|C|225NZ6|1|A|C|21s53
5NZ6|1|A|C|225NZ6|1|A|C|220BPh
5NZ6|1|A|C|225NZ6|1|A|G|23s35
5NZ6|1|A|C|225NZ6|1|A|G|3cWW
5NZ6|1|A|C|225NZ6|1|A|G|4s55
5NZ6|1|A|C|265NZ6|1|A|C|260BPh
5NZ6|1|A|C|315NZ6|1|A|A|30s55
5NZ6|1|A|C|315NZ6|1|A|A|32s35
5NZ6|1|A|C|315NZ6|1|A|C|31n0BP
5NZ6|1|A|C|315NZ6|1|A|G|29
5NZ6|1|A|C|365NZ6|1|A|A|35s53
5NZ6|1|A|C|365NZ6|1|A|C|360BPh
5NZ6|1|A|C|365NZ6|1|A|G|17cWW
5NZ6|1|A|C|365NZ6|1|A|G|37ns35
5NZ6|1|A|C|365NZ6|1|A|G|9s35
5NZ6|1|A|C|415NZ6|1|A|C|13ns55
5NZ6|1|A|C|415NZ6|1|A|C|41n0BP
5NZ6|1|A|C|415NZ6|1|A|G|12cWW
5NZ6|1|A|C|415NZ6|1|A|G|40s53
5NZ6|1|A|C|65NZ6|1|A|A|5s53
5NZ6|1|A|C|65NZ6|1|A|C|60BPh
5NZ6|1|A|C|65NZ6|1|A|G|179BPh
5NZ6|1|A|C|65NZ6|1|A|G|34tWW
5NZ6|1|A|C|65NZ6|1|A|U|18ncWW
5NZ6|1|A|G|105NZ6|1|A|G|100BPh
5NZ6|1|A|G|105NZ6|1|A|G|37ns53
5NZ6|1|A|G|105NZ6|1|A|G|38cWH
5NZ6|1|A|G|105NZ6|1|A|G|9s53
5NZ6|1|A|G|105NZ6|1|A|U|11s33
5NZ6|1|A|G|125NZ6|1|A|C|13s35
5NZ6|1|A|G|125NZ6|1|A|C|41cWW
5NZ6|1|A|G|125NZ6|1|A|G|120BPh
5NZ6|1|A|G|125NZ6|1|A|U|11ns35
5NZ6|1|A|G|145NZ6|1|A|C|13s53
5NZ6|1|A|G|145NZ6|1|A|C|15s35
5NZ6|1|A|G|145NZ6|1|A|G|40s55
5NZ6|1|A|G|145NZ6|1|A|U|11ntWW
5NZ6|1|A|G|175NZ6|1|A|C|16ns53
5NZ6|1|A|G|175NZ6|1|A|C|36cWW
5NZ6|1|A|G|175NZ6|1|A|G|170BPh
5NZ6|1|A|G|175NZ6|1|A|G|37s55
5NZ6|1|A|G|175NZ6|1|A|U|18s35
5NZ6|1|A|G|235NZ6|1|A|A|27ncSS
5NZ6|1|A|G|235NZ6|1|A|C|22s53
5NZ6|1|A|G|235NZ6|1|A|G|230BPh
5NZ6|1|A|G|235NZ6|1|A|G|24s35
5NZ6|1|A|G|235NZ6|1|A|G|3s55
5NZ6|1|A|G|245NZ6|1|A|C|1cWW
5NZ6|1|A|G|245NZ6|1|A|G|23s53
5NZ6|1|A|G|245NZ6|1|A|G|240BPh
5NZ6|1|A|G|245NZ6|1|A|U|25cSH
5NZ6|1|A|G|295NZ6|1|A|A|32tSW
5NZ6|1|A|G|295NZ6|1|A|A|5s35
5NZ6|1|A|G|295NZ6|1|A|C|20cWW
5NZ6|1|A|G|295NZ6|1|A|C|21s55
5NZ6|1|A|G|295NZ6|1|A|G|4s53
5NZ6|1|A|G|35NZ6|1|A|A|27ns53
5NZ6|1|A|G|35NZ6|1|A|C|22cWW
5NZ6|1|A|G|35NZ6|1|A|C|281BPh
5NZ6|1|A|G|35NZ6|1|A|G|23s55
5NZ6|1|A|G|35NZ6|1|A|G|30BPh
5NZ6|1|A|G|35NZ6|1|A|G|4s35
5NZ6|1|A|G|345NZ6|1|A|A|19cSW
5NZ6|1|A|G|345NZ6|1|A|A|33s53
5NZ6|1|A|G|345NZ6|1|A|C|6tWW
5NZ6|1|A|G|345NZ6|1|A|G|7s35
5NZ6|1|A|G|345NZ6|1|A|U|18ntSH
5NZ6|1|A|G|375NZ6|1|A|A|8ncHW
5NZ6|1|A|G|375NZ6|1|A|C|16cWW
5NZ6|1|A|G|375NZ6|1|A|C|36ns53
5NZ6|1|A|G|375NZ6|1|A|G|10ns35
5NZ6|1|A|G|375NZ6|1|A|G|17s55
5NZ6|1|A|G|375NZ6|1|A|G|370BPh
5NZ6|1|A|G|375NZ6|1|A|G|38s35
5NZ6|1|A|G|375NZ6|1|A|G|9cHW
5NZ6|1|A|G|385NZ6|1|A|C|15cWW
5NZ6|1|A|G|385NZ6|1|A|C|16s55
5NZ6|1|A|G|385NZ6|1|A|G|10cHW
5NZ6|1|A|G|385NZ6|1|A|G|37s53
5NZ6|1|A|G|385NZ6|1|A|G|380BPh
5NZ6|1|A|G|45NZ6|1|A|C|21cWW
5NZ6|1|A|G|45NZ6|1|A|C|22s55
5NZ6|1|A|G|45NZ6|1|A|G|29s35
5NZ6|1|A|G|45NZ6|1|A|G|3s53
5NZ6|1|A|G|45NZ6|1|A|G|40BPh
5NZ6|1|A|G|405NZ6|1|A|C|13cWW
5NZ6|1|A|G|405NZ6|1|A|C|41s35
5NZ6|1|A|G|405NZ6|1|A|G|14s55
5NZ6|1|A|G|405NZ6|1|A|G|400BPh
5NZ6|1|A|G|75NZ6|1|A|A|35ncWH3BPh
5NZ6|1|A|G|75NZ6|1|A|A|8s35
5NZ6|1|A|G|75NZ6|1|A|C|6
5NZ6|1|A|G|75NZ6|1|A|G|34s53
5NZ6|1|A|G|75NZ6|1|A|G|7n0BP
5NZ6|1|A|G|95NZ6|1|A|A|8s53
5NZ6|1|A|G|95NZ6|1|A|C|36s53
5NZ6|1|A|G|95NZ6|1|A|G|10s35
5NZ6|1|A|G|95NZ6|1|A|G|37cWH
5NZ6|1|A|G|95NZ6|1|A|G|90BPh
5NZ6|1|A|U|115NZ6|1|A|C|13ns53
5NZ6|1|A|U|115NZ6|1|A|G|10s33
5NZ6|1|A|U|115NZ6|1|A|G|12ns53
5NZ6|1|A|U|115NZ6|1|A|G|14ntWW
5NZ6|1|A|U|115NZ6|1|A|U|110BPh
5NZ6|1|A|U|185NZ6|1|A|A|19s35
5NZ6|1|A|U|185NZ6|1|A|A|35cWW
5NZ6|1|A|U|185NZ6|1|A|A|5ns33
5NZ6|1|A|U|185NZ6|1|A|C|6ncWW
5NZ6|1|A|U|185NZ6|1|A|G|17s53
5NZ6|1|A|U|185NZ6|1|A|G|34ntHS
5NZ6|1|A|U|185NZ6|1|A|U|180BPh
5NZ6|1|A|U|255NZ6|1|A|A|27s55
5NZ6|1|A|U|255NZ6|1|A|G|24cHS
5NZ6|1|A|U|255NZ6|1|A|U|25n0BP


Base-PairsCount (17)Relative Frequency
cWW100.588
tWW10.059
cWH20.118
tWH10.059
cWS10.059
tWS10.059
cHS10.059
Base-PhosphateCount (31)Relative Frequency
1BPh10.032
3BPh10.032
8BPh10.032
9BPh10.032
0BPh270.871
Base-StackingCount (19)Relative Frequency
s3310.053
s5390.474
s5590.474

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)