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As of 4-Dec-2019 number of released structures: 10490
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NDB ID: 5VW1  PDB ID: 5VW1 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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5VW1|1|C|U|375VW1|1|C|U|370BPh
5VW1|1|C|U|445VW1|1|C|G|439BPh
5VW1|1|C|U|445VW1|1|C|U|44n0BP
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5VW1|1|C|U|455VW1|1|C|A|46s35
5VW1|1|C|U|455VW1|1|C|G|27s55
5VW1|1|C|U|455VW1|1|C|U|450BPh
5VW1|1|C|U|505VW1|1|C|A|49s53
5VW1|1|C|U|505VW1|1|C|G|21cWW
5VW1|1|C|U|505VW1|1|C|U|500BPh
5VW1|1|C|U|565VW1|1|C|C|55
5VW1|1|C|U|565VW1|1|C|U|560BPh
5VW1|1|C|U|635VW1|1|C|A|51s53
5VW1|1|C|U|635VW1|1|C|U|630BPh
5VW1|1|C|U|645VW1|1|C|A|65s35
5VW1|1|C|U|645VW1|1|C|U|640BPh
5VW1|1|C|U|665VW1|1|C|A|65s53
5VW1|1|C|U|665VW1|1|C|C|67ns35
5VW1|1|C|U|665VW1|1|C|U|660BPh
5VW1|1|C|U|715VW1|1|C|A|78cWW
5VW1|1|C|U|715VW1|1|C|C|70s53
5VW1|1|C|U|715VW1|1|C|G|79s55
5VW1|1|C|U|715VW1|1|C|U|710BPh
5VW1|1|C|U|715VW1|1|C|U|72s35
5VW1|1|C|U|725VW1|1|C|A|77cWW
5VW1|1|C|U|725VW1|1|C|A|78s55
5VW1|1|C|U|725VW1|1|C|G|73s35
5VW1|1|C|U|725VW1|1|C|U|71s53
5VW1|1|C|U|725VW1|1|C|U|720BPh
5VW1|1|C|U|805VW1|1|C|A|69cWW
5VW1|1|C|U|805VW1|1|C|G|79s53
5VW1|1|C|U|805VW1|1|C|G|81ns35
5VW1|1|C|U|805VW1|1|C|U|800BPh
5VW1|1|C|U|825VW1|1|C|G|819BPh
5VW1|1|C|U|825VW1|1|C|U|82n0BP


Base-PairsCount (17)Relative Frequency
cWW171.000
Base-PhosphateCount (66)Relative Frequency
3BPh20.030
4BPh10.015
9BPh20.030
0BPh610.924
Base-StackingCount (27)Relative Frequency
s3310.037
s53130.481
s55130.481

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)