A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 12-Dec-2018 number of released structures: 9940
Search for released structures

NDB ID: 6CY4  PDB ID: 6CY4 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
6CY4|1|A|A|36CY4|1|A|A|30BPh
6CY4|1|A|A|36CY4|1|A|A|4s35
6CY4|1|A|A|36CY4|1|A|G|2s53
6CY4|1|A|A|36CY4|1|B|C|7ns55
6CY4|1|A|A|36CY4|1|B|U|6cWW
6CY4|1|A|A|46CY4|1|A|A|3s53
6CY4|1|A|A|46CY4|1|A|A|40BPh
6CY4|1|A|A|46CY4|1|B|A|4ncWW
6CY4|1|A|A|46CY4|1|B|U|6s55
6CY4|1|A|C|76CY4|1|A|C|70BPh
6CY4|1|A|C|76CY4|1|A|G|8s35
6CY4|1|A|C|76CY4|1|A|U|6s53
6CY4|1|A|C|76CY4|1|B|A|3ns55
6CY4|1|A|C|76CY4|1|B|G|2cWW
6CY4|1|A|G|26CY4|1|A|A|3s35
6CY4|1|A|G|26CY4|1|A|G|20BPh
6CY4|1|A|G|26CY4|1|B|C|7cWW
6CY4|1|A|G|26CY4|1|B|G|8s55
6CY4|1|A|G|86CY4|1|A|C|7s53
6CY4|1|A|G|86CY4|1|A|G|80BPh
6CY4|1|A|G|86CY4|1|B|G|2s55
6CY4|1|A|U|66CY4|1|A|C|7s35
6CY4|1|A|U|66CY4|1|A|U|60BPh
6CY4|1|A|U|66CY4|1|B|A|3cWW
6CY4|1|A|U|66CY4|1|B|A|4s55
6CY4|1|B|A|36CY4|1|A|C|7ns55
6CY4|1|B|A|36CY4|1|A|U|6cWW
6CY4|1|B|A|36CY4|1|B|A|30BPh
6CY4|1|B|A|36CY4|1|B|A|4s35
6CY4|1|B|A|36CY4|1|B|G|2s53
6CY4|1|B|A|46CY4|1|A|A|4ncWW
6CY4|1|B|A|46CY4|1|A|U|6s55
6CY4|1|B|A|46CY4|1|B|A|3s53
6CY4|1|B|A|46CY4|1|B|A|40BPh
6CY4|1|B|C|76CY4|1|A|A|3ns55
6CY4|1|B|C|76CY4|1|A|G|2cWW
6CY4|1|B|C|76CY4|1|B|C|70BPh
6CY4|1|B|C|76CY4|1|B|G|8s35
6CY4|1|B|C|76CY4|1|B|U|6s53
6CY4|1|B|G|26CY4|1|A|C|7cWW
6CY4|1|B|G|26CY4|1|A|G|8s55
6CY4|1|B|G|26CY4|1|B|A|3s35
6CY4|1|B|G|26CY4|1|B|G|20BPh
6CY4|1|B|G|86CY4|1|A|G|2s55
6CY4|1|B|G|86CY4|1|B|C|7s53
6CY4|1|B|G|86CY4|1|B|G|80BPh
6CY4|1|B|U|66CY4|1|A|A|3cWW
6CY4|1|B|U|66CY4|1|A|A|4s55
6CY4|1|B|U|66CY4|1|B|C|7s35
6CY4|1|B|U|66CY4|1|B|U|60BPh
6CY4|1|C|A|36CY4|1|C|A|30BPh
6CY4|1|C|A|36CY4|1|C|A|4s35
6CY4|1|C|A|36CY4|1|C|G|2s53
6CY4|1|C|A|36CY4|1|D|C|7ns55
6CY4|1|C|A|36CY4|1|D|U|6cWW
6CY4|1|C|A|46CY4|1|C|A|3s53
6CY4|1|C|A|46CY4|1|C|A|40BPh
6CY4|1|C|A|46CY4|1|D|A|4ncWW
6CY4|1|C|A|46CY4|1|D|U|6s55
6CY4|1|C|C|76CY4|1|C|C|70BPh
6CY4|1|C|C|76CY4|1|C|G|8s35
6CY4|1|C|C|76CY4|1|C|U|6s53
6CY4|1|C|C|76CY4|1|D|A|3ns55
6CY4|1|C|C|76CY4|1|D|G|2cWW
6CY4|1|C|G|26CY4|1|C|A|3s35
6CY4|1|C|G|26CY4|1|C|G|20BPh
6CY4|1|C|G|26CY4|1|D|C|7cWW
6CY4|1|C|G|26CY4|1|D|G|8s55
6CY4|1|C|G|86CY4|1|C|C|7s53
6CY4|1|C|G|86CY4|1|C|G|80BPh
6CY4|1|C|G|86CY4|1|D|G|2s55
6CY4|1|C|U|66CY4|1|C|C|7s35
6CY4|1|C|U|66CY4|1|C|U|60BPh
6CY4|1|C|U|66CY4|1|D|A|3cWW
6CY4|1|C|U|66CY4|1|D|A|4s55
6CY4|1|D|A|36CY4|1|C|C|7ns55
6CY4|1|D|A|36CY4|1|C|U|6cWW
6CY4|1|D|A|36CY4|1|D|A|30BPh
6CY4|1|D|A|36CY4|1|D|A|4s35
6CY4|1|D|A|36CY4|1|D|G|2s53
6CY4|1|D|A|46CY4|1|C|A|4ncWW
6CY4|1|D|A|46CY4|1|C|U|6s55
6CY4|1|D|A|46CY4|1|D|A|3s53
6CY4|1|D|A|46CY4|1|D|A|40BPh
6CY4|1|D|C|76CY4|1|C|A|3ns55
6CY4|1|D|C|76CY4|1|C|G|2cWW
6CY4|1|D|C|76CY4|1|D|C|70BPh
6CY4|1|D|C|76CY4|1|D|G|8s35
6CY4|1|D|C|76CY4|1|D|U|6s53
6CY4|1|D|G|26CY4|1|C|C|7cWW
6CY4|1|D|G|26CY4|1|C|G|8s55
6CY4|1|D|G|26CY4|1|D|A|3s35
6CY4|1|D|G|26CY4|1|D|G|20BPh
6CY4|1|D|G|86CY4|1|C|G|2s55
6CY4|1|D|G|86CY4|1|D|C|7s53
6CY4|1|D|G|86CY4|1|D|G|80BPh
6CY4|1|D|U|66CY4|1|C|A|3cWW
6CY4|1|D|U|66CY4|1|C|A|4s55
6CY4|1|D|U|66CY4|1|D|C|7s35
6CY4|1|D|U|66CY4|1|D|U|60BPh
6CY4|1|E|A|36CY4|1|E|A|30BPh
6CY4|1|E|A|36CY4|1|E|A|4s35
6CY4|1|E|A|36CY4|1|E|G|2s53
6CY4|1|E|A|36CY4|1|F|C|7ns55
6CY4|1|E|A|36CY4|1|F|U|6cWW
6CY4|1|E|A|46CY4|1|E|A|3s53
6CY4|1|E|A|46CY4|1|E|A|40BPh
6CY4|1|E|A|46CY4|1|F|A|4ncWW
6CY4|1|E|A|46CY4|1|F|U|6s55
6CY4|1|E|C|76CY4|1|E|C|70BPh
6CY4|1|E|C|76CY4|1|E|G|8s35
6CY4|1|E|C|76CY4|1|E|U|6s53
6CY4|1|E|C|76CY4|1|F|A|3s55
6CY4|1|E|C|76CY4|1|F|G|2cWW
6CY4|1|E|G|26CY4|1|E|A|3s35
6CY4|1|E|G|26CY4|1|E|G|20BPh
6CY4|1|E|G|26CY4|1|F|C|7cWW
6CY4|1|E|G|26CY4|1|F|G|8s55
6CY4|1|E|G|86CY4|1|E|C|7s53
6CY4|1|E|G|86CY4|1|E|G|80BPh
6CY4|1|E|G|86CY4|1|F|G|2s55
6CY4|1|E|U|66CY4|1|E|C|7s35
6CY4|1|E|U|66CY4|1|E|U|60BPh
6CY4|1|E|U|66CY4|1|F|A|3cWW
6CY4|1|E|U|66CY4|1|F|A|4s55
6CY4|1|F|A|36CY4|1|E|C|7s55
6CY4|1|F|A|36CY4|1|E|U|6cWW
6CY4|1|F|A|36CY4|1|F|A|30BPh
6CY4|1|F|A|36CY4|1|F|A|4s35
6CY4|1|F|A|36CY4|1|F|G|2s53
6CY4|1|F|A|46CY4|1|E|A|4ncWW
6CY4|1|F|A|46CY4|1|E|U|6s55
6CY4|1|F|A|46CY4|1|F|A|3s53
6CY4|1|F|A|46CY4|1|F|A|40BPh
6CY4|1|F|C|76CY4|1|E|A|3ns55
6CY4|1|F|C|76CY4|1|E|G|2cWW
6CY4|1|F|C|76CY4|1|F|C|70BPh
6CY4|1|F|C|76CY4|1|F|G|8s35
6CY4|1|F|C|76CY4|1|F|U|6s53
6CY4|1|F|G|26CY4|1|E|C|7cWW
6CY4|1|F|G|26CY4|1|E|G|8s55
6CY4|1|F|G|26CY4|1|F|A|3s35
6CY4|1|F|G|26CY4|1|F|G|20BPh
6CY4|1|F|G|86CY4|1|E|G|2s55
6CY4|1|F|G|86CY4|1|F|C|7s53
6CY4|1|F|G|86CY4|1|F|G|80BPh
6CY4|1|F|U|66CY4|1|E|A|3cWW
6CY4|1|F|U|66CY4|1|E|A|4s55
6CY4|1|F|U|66CY4|1|F|C|7s35
6CY4|1|F|U|66CY4|1|F|U|60BPh
6CY4|1|G|A|36CY4|1|G|A|30BPh
6CY4|1|G|A|36CY4|1|G|A|4s35
6CY4|1|G|A|36CY4|1|G|G|2s53
6CY4|1|G|A|36CY4|1|H|C|7ns55
6CY4|1|G|A|36CY4|1|H|U|6cWW
6CY4|1|G|A|46CY4|1|G|A|3s53
6CY4|1|G|A|46CY4|1|G|A|40BPh
6CY4|1|G|A|46CY4|1|H|U|6s55
6CY4|1|G|C|76CY4|1|G|C|70BPh
6CY4|1|G|C|76CY4|1|G|G|8s35
6CY4|1|G|C|76CY4|1|G|U|6s53
6CY4|1|G|C|76CY4|1|H|G|2cWW
6CY4|1|G|G|26CY4|1|G|A|3s35
6CY4|1|G|G|26CY4|1|G|G|20BPh
6CY4|1|G|G|26CY4|1|H|C|7cWW
6CY4|1|G|G|26CY4|1|H|G|8s55
6CY4|1|G|G|86CY4|1|G|C|7s53
6CY4|1|G|G|86CY4|1|G|G|80BPh
6CY4|1|G|G|86CY4|1|H|G|2s55
6CY4|1|G|U|66CY4|1|G|C|7s35
6CY4|1|G|U|66CY4|1|G|U|60BPh
6CY4|1|G|U|66CY4|1|H|A|3cWW
6CY4|1|G|U|66CY4|1|H|A|4s55
6CY4|1|H|A|36CY4|1|G|U|6cWW
6CY4|1|H|A|36CY4|1|H|A|30BPh
6CY4|1|H|A|36CY4|1|H|A|4s35
6CY4|1|H|A|36CY4|1|H|G|2s53
6CY4|1|H|A|46CY4|1|G|U|6s55
6CY4|1|H|A|46CY4|1|H|A|3s53
6CY4|1|H|A|46CY4|1|H|A|40BPh
6CY4|1|H|C|76CY4|1|G|A|3ns55
6CY4|1|H|C|76CY4|1|G|G|2cWW
6CY4|1|H|C|76CY4|1|H|C|70BPh
6CY4|1|H|C|76CY4|1|H|G|8s35
6CY4|1|H|C|76CY4|1|H|U|6s53
6CY4|1|H|G|26CY4|1|G|C|7cWW
6CY4|1|H|G|26CY4|1|G|G|8s55
6CY4|1|H|G|26CY4|1|H|A|3s35
6CY4|1|H|G|26CY4|1|H|G|20BPh
6CY4|1|H|G|86CY4|1|G|G|2s55
6CY4|1|H|G|86CY4|1|H|C|7s53
6CY4|1|H|G|86CY4|1|H|G|80BPh
6CY4|1|H|U|66CY4|1|G|A|3cWW
6CY4|1|H|U|66CY4|1|G|A|4s55
6CY4|1|H|U|66CY4|1|H|C|7s35
6CY4|1|H|U|66CY4|1|H|U|60BPh


Base-PairsCount (16)Relative Frequency
cWW161.000
Base-PhosphateCount (48)Relative Frequency
0BPh481.000
Base-StackingCount (33)Relative Frequency
s53160.485
s55170.515

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)