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As of 16-Oct-2019 number of released structures: 10422
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NDB ID: 6E80  PDB ID: 6E80 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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6E80|1|A|G|22||||18_6556E80|1|A|G|25s55
6E80|1|A|G|22||||18_6556E80|1|A|G|25||||18_655cWH
6E80|1|A|G|236E80|1|A|A|21s33
6E80|1|A|G|236E80|1|A|G|16cHW
6E80|1|A|G|236E80|1|A|G|22s53
6E80|1|A|G|236E80|1|A|G|230BPh
6E80|1|A|G|236E80|1|A|G|25s53
6E80|1|A|G|236E80|1|A|G|26cWH
6E80|1|A|G|23||||18_6556E80|1|A|A|21||||18_655s33
6E80|1|A|G|23||||18_6556E80|1|A|G|16||||18_655cHW
6E80|1|A|G|23||||18_6556E80|1|A|G|22||||18_655s53
6E80|1|A|G|23||||18_6556E80|1|A|G|23||||18_6550BPh
6E80|1|A|G|23||||18_6556E80|1|A|G|25||||18_655s53
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6E80|1|A|G|256E80|1|A|G|12cWH
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6E80|1|A|G|256E80|1|A|G|22||||18_655s55
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6E80|1|A|G|26||||18_6556E80|1|A|G|25||||18_655s53
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6E80|1|A|G|2||||18_6556E80|1|A|C|36||||18_655s55
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6E80|1|A|G|32||||18_6556E80|1|A|G|32||||18_6550BPh
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6E80|1|A|G|9||||18_6556E80|1|A|G|9||||18_655n0BP
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6E80|1|A|U|176E80|1|A|C|18s35
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6E80|1|A|U|176E80|1|A|U|170BPh
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6E80|1|A|U|276E80|1|A|C|28s35
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6E80|1|A|U|276E80|1|A|U|270BPh
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6E80|1|A|U|27||||18_6556E80|1|A|A|21||||18_655ncWW
6E80|1|A|U|27||||18_6556E80|1|A|C|28||||18_655s35
6E80|1|A|U|27||||18_6556E80|1|A|G|26||||18_655s53n9BP
6E80|1|A|U|27||||18_6556E80|1|A|U|27||||18_6550BPh
6E80|1|A|U|316E80|1|A|C|30s53n9BP
6E80|1|A|U|316E80|1|A|U|310BPh
6E80|1|A|U|31||||18_6556E80|1|A|C|30||||18_655s53n9BP
6E80|1|A|U|31||||18_6556E80|1|A|U|31||||18_6550BPh


Base-PairsCount (34)Relative Frequency
cWW100.294
cWH160.471
tHS20.059
cSS60.176
Base-PhosphateCount (44)Relative Frequency
0BPh441.000
Base-StackingCount (48)Relative Frequency
s3340.083
s53260.542
s55180.375

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)