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As of 22-Jan-2020 number of released structures: 10593
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NDB ID: 6JQ6  PDB ID: 6JQ6 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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6JQ6|1|U|U|81||||11_5556JQ6|1|U|G|80||||11_555s53
6JQ6|1|U|U|81||||11_5556JQ6|1|U|U|81||||11_5550BPh


Base-PairsCount (68)Relative Frequency
cWW480.706
tWW20.029
cWH40.059
tWH40.059
cWS40.059
tWS20.029
tHS20.029
cSS20.029
Base-PhosphateCount (130)Relative Frequency
3BPh20.015
4BPh40.031
9BPh40.031
0BPh1200.923
Base-StackingCount (91)Relative Frequency
s3360.066
s53500.549
s55350.385

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)