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NDB ID: 6LVR  PDB ID: 6LVR 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
6LVR|1|B|A|146LVR|1|B|A|21ncWS
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6LVR|1|D|U|86LVR|1|D|U|80BPh


Base-PairsCount (43)Relative Frequency
cWW360.837
tWW10.023
tWH20.047
tHH20.047
tSS20.047
Base-PhosphateCount (103)Relative Frequency
5BPh20.019
8BPh20.019
0BPh990.961
Base-StackingCount (65)Relative Frequency
s3360.092
s53340.523
s55250.385

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)