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NDB ID: 6M0X  PDB ID: 6M0X 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
6M0X|1|B|A|126M0X|1|B|A|120BPh
6M0X|1|B|A|126M0X|1|B|A|13s35
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6M0X|1|B|U|566M0X|1|B|U|560BPh
6M0X|1|B|U|566M0X|1|B|U|57
6M0X|1|B|U|576M0X|1|B|G|61
6M0X|1|B|U|576M0X|1|B|U|56
6M0X|1|B|U|576M0X|1|B|U|570BPh
6M0X|1|B|U|606M0X|1|B|U|600BPh
6M0X|1|B|U|686M0X|1|B|A|67s53
6M0X|1|B|U|686M0X|1|B|C|69
6M0X|1|B|U|686M0X|1|B|U|680BPh


Base-PairsCount (17)Relative Frequency
cWW160.941
tHS10.059
Base-PhosphateCount (61)Relative Frequency
3BPh20.033
9BPh10.016
0BPh580.951
Base-StackingCount (28)Relative Frequency
s53180.643
s55100.357

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)