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NDB ID: 6UBU  PDB ID: 6UBU 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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6UBU|1|B|U|496UBU|1|B|U|489BPh
6UBU|1|B|U|496UBU|1|B|U|49n0BP
6UBU|1|B|U|516UBU|1|B|A|52s35
6UBU|1|B|U|516UBU|1|B|C|50s539BPh
6UBU|1|B|U|516UBU|1|B|U|47ntHW
6UBU|1|B|U|516UBU|1|B|U|49
6UBU|1|B|U|516UBU|1|B|U|510BPh
6UBU|1|B|U|516UBU|1|B|U|75ncSS
6UBU|1|B|U|636UBU|1|B|A|35s535BPh
6UBU|1|B|U|636UBU|1|B|A|64s55
6UBU|1|B|U|636UBU|1|B|G|62cHS
6UBU|1|B|U|636UBU|1|B|U|630BPh
6UBU|1|B|U|676UBU|1|B|A|59cWW
6UBU|1|B|U|676UBU|1|B|A|66s53
6UBU|1|B|U|676UBU|1|B|G|38s53
6UBU|1|B|U|676UBU|1|B|G|68s35
6UBU|1|B|U|696UBU|1|B|C|70s35
6UBU|1|B|U|696UBU|1|B|G|57cWW
6UBU|1|B|U|696UBU|1|B|G|68s53
6UBU|1|B|U|696UBU|1|B|U|690BPh
6UBU|1|B|U|756UBU|1|B|A|21cWW
6UBU|1|B|U|756UBU|1|B|A|76s35
6UBU|1|B|U|756UBU|1|B|C|50cSW
6UBU|1|B|U|756UBU|1|B|C|74s53
6UBU|1|B|U|756UBU|1|B|U|51ncSS
6UBU|1|B|U|756UBU|1|B|U|750BPh
6UBU|1|B|U|776UBU|1|B|A|19cWW
6UBU|1|B|U|776UBU|1|B|A|76s53
6UBU|1|B|U|776UBU|1|B|G|78s35
6UBU|1|B|U|776UBU|1|B|U|770BPh
6UBU|1|B|U|796UBU|1|B|A|17cWW
6UBU|1|B|U|796UBU|1|B|C|80s35
6UBU|1|B|U|796UBU|1|B|G|78s53
6UBU|1|B|U|796UBU|1|B|U|790BPh


Base-PairsCount (34)Relative Frequency
cWW240.706
tWH30.088
cWS30.088
tWS20.059
cHS10.029
cSS10.029
Base-PhosphateCount (58)Relative Frequency
2BPh10.017
5BPh10.017
8BPh10.017
9BPh20.034
0BPh530.914
Base-StackingCount (37)Relative Frequency
s3320.054
s53180.486
s55170.459

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)