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NDB ID: 7D7V  PDB ID: 7D7V 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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7D7V|1|A|U|537D7V|1|A|C|52s53
7D7V|1|A|U|537D7V|1|A|G|15s55
7D7V|1|A|U|537D7V|1|A|G|54s35
7D7V|1|A|U|537D7V|1|A|U|530BPh


Base-PairsCount (21)Relative Frequency
cWW200.952
cHS10.048
Base-PhosphateCount (47)Relative Frequency
7BPh10.021
9BPh10.021
0BPh450.957
Base-StackingCount (30)Relative Frequency
s3310.033
s53150.500
s55140.467

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)