A Portal for Three-dimensional Structural Information about Nucleic Acids
As of 3-Mar-2021 number of released structures: 11234
Search for released structures

NDB ID: 7D7W  PDB ID: 7D7W 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
7D7W|1|A|A|107D7W|1|A|A|10n0BP
7D7W|1|A|A|107D7W|1|A|A|7
7D7W|1|A|A|107D7W|1|A|A|87BPh
7D7W|1|A|A|107D7W|1|A|C|15s33n6BP
7D7W|1|A|A|107D7W|1|A|C|9n0BP
7D7W|1|A|A|107D7W|1|A|G|16n6BP
7D7W|1|A|A|117D7W|1|A|A|11n0BP
7D7W|1|A|A|187D7W|1|A|A|180BPh
7D7W|1|A|A|187D7W|1|A|A|44s55
7D7W|1|A|A|187D7W|1|A|G|19s35
7D7W|1|A|A|187D7W|1|A|U|17s53
7D7W|1|A|A|187D7W|1|A|U|43cWW
7D7W|1|A|A|267D7W|1|A|A|260BPh
7D7W|1|A|A|267D7W|1|A|C|27s35
7D7W|1|A|A|267D7W|1|A|G|25s53
7D7W|1|A|A|267D7W|1|A|U|33cWW
7D7W|1|A|A|297D7W|1|A|A|290BPh
7D7W|1|A|A|297D7W|1|A|A|30s35
7D7W|1|A|A|307D7W|1|A|A|29s53
7D7W|1|A|A|307D7W|1|A|A|300BPh
7D7W|1|A|A|307D7W|1|A|A|31s35
7D7W|1|A|A|307D7W|1|A|G|28ns33
7D7W|1|A|A|317D7W|1|A|A|30s53
7D7W|1|A|A|317D7W|1|A|A|310BPh
7D7W|1|A|A|317D7W|1|A|G|28tHS
7D7W|1|A|A|317D7W|1|A|G|32s35
7D7W|1|A|A|357D7W|1|A|A|350BPh
7D7W|1|A|A|357D7W|1|A|C|34s53
7D7W|1|A|A|357D7W|1|A|C|37ns35
7D7W|1|A|A|357D7W|1|A|G|24cWW
7D7W|1|A|A|357D7W|1|A|G|25s55
7D7W|1|A|A|407D7W|1|A|A|400BPh
7D7W|1|A|A|407D7W|1|A|C|39s53
7D7W|1|A|A|407D7W|1|A|C|41s35
7D7W|1|A|A|407D7W|1|A|G|22s55
7D7W|1|A|A|407D7W|1|A|U|21cWW
7D7W|1|A|A|447D7W|1|A|A|18s55
7D7W|1|A|A|447D7W|1|A|A|440BPh
7D7W|1|A|A|447D7W|1|A|C|45s35
7D7W|1|A|A|447D7W|1|A|U|17cWW
7D7W|1|A|A|447D7W|1|A|U|43s53
7D7W|1|A|A|497D7W|1|A|A|490BPh
7D7W|1|A|A|497D7W|1|A|G|48s53
7D7W|1|A|A|497D7W|1|A|G|50s35
7D7W|1|A|A|497D7W|1|A|U|4cWW
7D7W|1|A|A|77D7W|1|A|A|70BPh
7D7W|1|A|A|77D7W|1|A|A|8cSH
7D7W|1|A|A|77D7W|1|A|C|6s53
7D7W|1|A|A|77D7W|1|A|G|16s35
7D7W|1|A|A|77D7W|1|A|G|47s55
7D7W|1|A|A|77D7W|1|A|U|46cWW
7D7W|1|A|A|87D7W|1|A|A|7cHS
7D7W|1|A|A|87D7W|1|A|A|8n0BP
7D7W|1|A|A|87D7W|1|A|C|9s35
7D7W|1|A|C|127D7W|1|A|C|120BPh
7D7W|1|A|C|127D7W|1|A|C|13s35
7D7W|1|A|C|137D7W|1|A|C|12s53
7D7W|1|A|C|137D7W|1|A|C|130BPh
7D7W|1|A|C|137D7W|1|A|C|14s35
7D7W|1|A|C|137D7W|1|A|G|38cWW
7D7W|1|A|C|147D7W|1|A|C|13s53
7D7W|1|A|C|147D7W|1|A|C|140BPh
7D7W|1|A|C|147D7W|1|A|C|15s35
7D7W|1|A|C|147D7W|1|A|G|36cWW
7D7W|1|A|C|147D7W|1|A|G|38s55
7D7W|1|A|C|157D7W|1|A|A|10s33
7D7W|1|A|C|157D7W|1|A|C|14s53
7D7W|1|A|C|157D7W|1|A|C|150BPh
7D7W|1|A|C|157D7W|1|A|G|36s55
7D7W|1|A|C|277D7W|1|A|A|26s53
7D7W|1|A|C|277D7W|1|A|C|270BPh
7D7W|1|A|C|277D7W|1|A|G|28s35
7D7W|1|A|C|277D7W|1|A|G|32cWW
7D7W|1|A|C|37D7W|1|A|C|30BPh
7D7W|1|A|C|37D7W|1|A|G|2s53
7D7W|1|A|C|37D7W|1|A|G|50cWW
7D7W|1|A|C|37D7W|1|A|U|4s35
7D7W|1|A|C|347D7W|1|A|A|35s35
7D7W|1|A|C|347D7W|1|A|C|340BPh
7D7W|1|A|C|347D7W|1|A|G|25cWW
7D7W|1|A|C|347D7W|1|A|U|33s53
7D7W|1|A|C|377D7W|1|A|A|35ns53
7D7W|1|A|C|377D7W|1|A|C|370BPh
7D7W|1|A|C|377D7W|1|A|G|23cWW
7D7W|1|A|C|377D7W|1|A|G|24s55
7D7W|1|A|C|397D7W|1|A|A|40s35
7D7W|1|A|C|397D7W|1|A|C|37
7D7W|1|A|C|397D7W|1|A|G|22cWW
7D7W|1|A|C|397D7W|1|A|G|23s55
7D7W|1|A|C|417D7W|1|A|A|40s53
7D7W|1|A|C|417D7W|1|A|C|410BPh
7D7W|1|A|C|417D7W|1|A|C|42s35
7D7W|1|A|C|417D7W|1|A|G|20cWW
7D7W|1|A|C|427D7W|1|A|C|41s53
7D7W|1|A|C|427D7W|1|A|C|420BPh
7D7W|1|A|C|427D7W|1|A|G|19cWW
7D7W|1|A|C|427D7W|1|A|G|20s55
7D7W|1|A|C|427D7W|1|A|U|43s35
7D7W|1|A|C|457D7W|1|A|A|44s53
7D7W|1|A|C|457D7W|1|A|C|450BPh
7D7W|1|A|C|457D7W|1|A|G|16cWW
7D7W|1|A|C|457D7W|1|A|U|46s35
7D7W|1|A|C|517D7W|1|A|C|510BPh
7D7W|1|A|C|517D7W|1|A|C|52s35
7D7W|1|A|C|517D7W|1|A|G|2cWW
7D7W|1|A|C|517D7W|1|A|G|50s53
7D7W|1|A|C|527D7W|1|A|C|51s53
7D7W|1|A|C|527D7W|1|A|C|520BPh
7D7W|1|A|C|527D7W|1|A|G|2s55
7D7W|1|A|C|67D7W|1|A|A|7s35
7D7W|1|A|C|67D7W|1|A|C|60BPh
7D7W|1|A|C|67D7W|1|A|G|47cWW
7D7W|1|A|C|67D7W|1|A|G|48s55
7D7W|1|A|C|67D7W|1|A|U|5s53
7D7W|1|A|C|97D7W|1|A|A|7
7D7W|1|A|C|97D7W|1|A|A|8s539BPh
7D7W|1|A|C|97D7W|1|A|C|90BPh
7D7W|1|A|C|97D7W|1|A|G|16
7D7W|1|A|G|167D7W|1|A|A|7s53
7D7W|1|A|G|167D7W|1|A|C|45cWW
7D7W|1|A|G|167D7W|1|A|G|16n0BP
7D7W|1|A|G|167D7W|1|A|U|17s35
7D7W|1|A|G|167D7W|1|A|U|46s55
7D7W|1|A|G|197D7W|1|A|A|18s53
7D7W|1|A|G|197D7W|1|A|C|42cWW
7D7W|1|A|G|197D7W|1|A|G|19n0BP
7D7W|1|A|G|197D7W|1|A|G|20s35
7D7W|1|A|G|197D7W|1|A|U|43s55
7D7W|1|A|G|27D7W|1|A|C|3s35
7D7W|1|A|G|27D7W|1|A|C|51cWW
7D7W|1|A|G|27D7W|1|A|C|52s55
7D7W|1|A|G|27D7W|1|A|G|20BPh
7D7W|1|A|G|207D7W|1|A|C|41cWW
7D7W|1|A|G|207D7W|1|A|C|42s55
7D7W|1|A|G|207D7W|1|A|G|19s53
7D7W|1|A|G|207D7W|1|A|G|200BPh
7D7W|1|A|G|207D7W|1|A|U|21s35
7D7W|1|A|G|227D7W|1|A|A|40s55
7D7W|1|A|G|227D7W|1|A|C|39cWW
7D7W|1|A|G|227D7W|1|A|G|220BPh
7D7W|1|A|G|227D7W|1|A|G|23s35
7D7W|1|A|G|227D7W|1|A|U|21s53
7D7W|1|A|G|237D7W|1|A|C|37cWW
7D7W|1|A|G|237D7W|1|A|C|39s55
7D7W|1|A|G|237D7W|1|A|G|22s53
7D7W|1|A|G|237D7W|1|A|G|230BPh
7D7W|1|A|G|237D7W|1|A|G|24s35
7D7W|1|A|G|247D7W|1|A|A|35cWW
7D7W|1|A|G|247D7W|1|A|C|37s55
7D7W|1|A|G|247D7W|1|A|G|23s53
7D7W|1|A|G|247D7W|1|A|G|25s35
7D7W|1|A|G|257D7W|1|A|A|26s35
7D7W|1|A|G|257D7W|1|A|A|35s55
7D7W|1|A|G|257D7W|1|A|C|34cWW
7D7W|1|A|G|257D7W|1|A|G|24s53
7D7W|1|A|G|257D7W|1|A|G|250BPh
7D7W|1|A|G|287D7W|1|A|A|30ns33
7D7W|1|A|G|287D7W|1|A|A|31tSH3BPh
7D7W|1|A|G|287D7W|1|A|C|27s53
7D7W|1|A|G|287D7W|1|A|G|280BPh
7D7W|1|A|G|287D7W|1|A|G|32s55
7D7W|1|A|G|327D7W|1|A|A|31s53
7D7W|1|A|G|327D7W|1|A|C|27cWW
7D7W|1|A|G|327D7W|1|A|G|28s55
7D7W|1|A|G|327D7W|1|A|G|320BPh
7D7W|1|A|G|327D7W|1|A|U|33s35
7D7W|1|A|G|367D7W|1|A|C|14cWW
7D7W|1|A|G|367D7W|1|A|C|15s55
7D7W|1|A|G|367D7W|1|A|G|38s35
7D7W|1|A|G|387D7W|1|A|C|13cWW
7D7W|1|A|G|387D7W|1|A|C|14s55
7D7W|1|A|G|387D7W|1|A|G|36s53
7D7W|1|A|G|387D7W|1|A|G|380BPh
7D7W|1|A|G|477D7W|1|A|A|7s55
7D7W|1|A|G|477D7W|1|A|C|6cWW
7D7W|1|A|G|477D7W|1|A|G|470BPh
7D7W|1|A|G|477D7W|1|A|G|48s35
7D7W|1|A|G|477D7W|1|A|U|46s53
7D7W|1|A|G|487D7W|1|A|A|49s35
7D7W|1|A|G|487D7W|1|A|C|6s55
7D7W|1|A|G|487D7W|1|A|G|47s53
7D7W|1|A|G|487D7W|1|A|U|5cWW
7D7W|1|A|G|507D7W|1|A|A|49s53
7D7W|1|A|G|507D7W|1|A|C|3cWW
7D7W|1|A|G|507D7W|1|A|C|51s35
7D7W|1|A|G|507D7W|1|A|G|500BPh
7D7W|1|A|G|507D7W|1|A|U|4s55
7D7W|1|A|U|177D7W|1|A|A|18s35
7D7W|1|A|U|177D7W|1|A|A|44cWW
7D7W|1|A|U|177D7W|1|A|G|16s53
7D7W|1|A|U|177D7W|1|A|U|170BPh
7D7W|1|A|U|217D7W|1|A|A|40cWW
7D7W|1|A|U|217D7W|1|A|G|20s53
7D7W|1|A|U|217D7W|1|A|G|22s35
7D7W|1|A|U|217D7W|1|A|U|210BPh
7D7W|1|A|U|337D7W|1|A|A|26cWW
7D7W|1|A|U|337D7W|1|A|C|34s35
7D7W|1|A|U|337D7W|1|A|G|32s53
7D7W|1|A|U|337D7W|1|A|U|330BPh
7D7W|1|A|U|47D7W|1|A|A|49cWW
7D7W|1|A|U|47D7W|1|A|C|3s53
7D7W|1|A|U|47D7W|1|A|G|50s55
7D7W|1|A|U|47D7W|1|A|U|40BPh
7D7W|1|A|U|47D7W|1|A|U|5s35
7D7W|1|A|U|437D7W|1|A|A|18cWW
7D7W|1|A|U|437D7W|1|A|A|44s35
7D7W|1|A|U|437D7W|1|A|C|42s53
7D7W|1|A|U|437D7W|1|A|G|19s55
7D7W|1|A|U|437D7W|1|A|U|430BPh
7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|A|7cWW
7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|C|45s53
7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|G|16s55
7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|G|47s35
7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|U|460BPh
7D7W|1|A|U|57D7W|1|A|C|6s35
7D7W|1|A|U|57D7W|1|A|G|48cWW
7D7W|1|A|U|57D7W|1|A|U|4s53
7D7W|1|A|U|57D7W|1|A|U|50BPh


Base-PairsCount (22)Relative Frequency
cWW200.909
cHS10.045
tHS10.045
Base-PhosphateCount (45)Relative Frequency
3BPh10.022
7BPh10.022
9BPh10.022
0BPh420.933
Base-StackingCount (29)Relative Frequency
s3310.034
s53130.448
s55150.517

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)