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NDB ID: 7D7W  PDB ID: 7D7W 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
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7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|C|45s53
7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|G|16s55
7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|G|47s35
7D7W|1|A|U|467D7W|1|A|U|460BPh
7D7W|1|A|U|57D7W|1|A|C|6s35
7D7W|1|A|U|57D7W|1|A|G|48cWW
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Base-PairsCount (22)Relative Frequency
cWW200.909
cHS10.045
tHS10.045
Base-PhosphateCount (45)Relative Frequency
3BPh10.022
7BPh10.022
9BPh10.022
0BPh420.933
Base-StackingCount (29)Relative Frequency
s3310.034
s53130.448
s55150.517

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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