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As of 18-May-2022 number of released structures: 12082
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NDB ID: 7EOJ  PDB ID: 7EOJ 

RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
7EOJ|1|A|A|307EOJ|1|A|A|300BPh
7EOJ|1|A|A|307EOJ|1|A|A|31s35
7EOJ|1|A|A|307EOJ|1|A|C|29s53
7EOJ|1|A|A|317EOJ|1|A|A|30s53
7EOJ|1|A|A|317EOJ|1|A|A|310BPh
7EOJ|1|A|A|317EOJ|1|A|U|32s35
7EOJ|1|A|A|367EOJ|1|A|A|360BPh
7EOJ|1|A|A|367EOJ|1|A|C|28s53
7EOJ|1|A|A|367EOJ|1|A|G|15s55
7EOJ|1|A|A|367EOJ|1|A|G|37s35
7EOJ|1|A|A|367EOJ|1|A|U|14cWW
7EOJ|1|A|A|67EOJ|1|A|A|60BPh
7EOJ|1|A|A|67EOJ|1|A|C|5s537BPh
7EOJ|1|A|A|67EOJ|1|A|C|7cSH
7EOJ|1|A|A|67EOJ|1|A|G|41s33
7EOJ|1|A|A|67EOJ|1|A|U|8ntSW
7EOJ|1|A|C|117EOJ|1|A|C|110BPh
7EOJ|1|A|C|117EOJ|1|A|G|10s53
7EOJ|1|A|C|117EOJ|1|A|G|12ns35
7EOJ|1|A|C|117EOJ|1|A|G|39cWW
7EOJ|1|A|C|137EOJ|1|A|C|130BPh
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7EOJ|1|A|C|137EOJ|1|A|U|14s35
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7EOJ|1|A|C|167EOJ|1|A|G|15s53
7EOJ|1|A|C|167EOJ|1|A|G|17s35
7EOJ|1|A|C|167EOJ|1|A|G|27cWW
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7EOJ|1|A|C|187EOJ|1|A|G|17s53
7EOJ|1|A|C|187EOJ|1|A|G|25cWW
7EOJ|1|A|C|197EOJ|1|A|C|18s53
7EOJ|1|A|C|197EOJ|1|A|C|190BPh
7EOJ|1|A|C|197EOJ|1|A|G|24cWW
7EOJ|1|A|C|197EOJ|1|A|G|25s55
7EOJ|1|A|C|197EOJ|1|A|U|20s35
7EOJ|1|A|C|227EOJ|1|A|C|220BPh
7EOJ|1|A|C|227EOJ|1|A|G|23s53
7EOJ|1|A|C|227EOJ|1|A|U|218BPh
7EOJ|1|A|C|267EOJ|1|A|C|260BPh
7EOJ|1|A|C|267EOJ|1|A|G|17cWW
7EOJ|1|A|C|267EOJ|1|A|G|25s53
7EOJ|1|A|C|267EOJ|1|A|G|27s35
7EOJ|1|A|C|287EOJ|1|A|A|36s35
7EOJ|1|A|C|287EOJ|1|A|C|280BPh
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7EOJ|1|A|C|287EOJ|1|A|G|27s53
7EOJ|1|A|C|297EOJ|1|A|A|30s35
7EOJ|1|A|C|297EOJ|1|A|C|290BPh
7EOJ|1|A|C|37EOJ|1|A|C|30BPh
7EOJ|1|A|C|37EOJ|1|A|G|2s53
7EOJ|1|A|C|37EOJ|1|A|G|4s35
7EOJ|1|A|C|37EOJ|1|A|G|47cWW
7EOJ|1|A|C|337EOJ|1|A|G|34s35
7EOJ|1|A|C|337EOJ|1|A|G|41ns55
7EOJ|1|A|C|337EOJ|1|A|G|9ntSW
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7EOJ|1|A|C|387EOJ|1|A|G|37s53
7EOJ|1|A|C|387EOJ|1|A|G|39s35
7EOJ|1|A|C|387EOJ|1|A|U|35ntHS
7EOJ|1|A|C|437EOJ|1|A|C|430BPh
7EOJ|1|A|C|437EOJ|1|A|G|44s35
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7EOJ|1|A|C|437EOJ|1|A|U|8ntHS
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7EOJ|1|A|C|467EOJ|1|A|G|4cWW
7EOJ|1|A|C|467EOJ|1|A|G|45s53
7EOJ|1|A|C|467EOJ|1|A|G|47s35
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7EOJ|1|A|C|487EOJ|1|A|C|49s35
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7EOJ|1|A|C|57EOJ|1|A|G|4s53
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7EOJ|1|A|C|77EOJ|1|A|G|45s55
7EOJ|1|A|C|77EOJ|1|A|U|8s35
7EOJ|1|A|G|107EOJ|1|A|C|11s35
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7EOJ|1|A|G|457EOJ|1|A|G|44s53
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7EOJ|1|A|G|97EOJ|1|A|G|9n0BP
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7EOJ|1|A|U|147EOJ|1|A|U|140BPh
7EOJ|1|A|U|207EOJ|1|A|C|19s53n9BP
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7EOJ|1|A|U|327EOJ|1|A|G|34ns33
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7EOJ|1|A|U|327EOJ|1|A|U|35tWH
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7EOJ|1|A|U|357EOJ|1|A|G|34s53
7EOJ|1|A|U|357EOJ|1|A|U|32tHW
7EOJ|1|A|U|357EOJ|1|A|U|350BPh
7EOJ|1|A|U|407EOJ|1|A|C|33ncWW
7EOJ|1|A|U|407EOJ|1|A|G|10cWW
7EOJ|1|A|U|407EOJ|1|A|G|39s53
7EOJ|1|A|U|407EOJ|1|A|U|400BPh
7EOJ|1|A|U|427EOJ|1|A|C|43cSH
7EOJ|1|A|U|427EOJ|1|A|G|41cHS
7EOJ|1|A|U|427EOJ|1|A|U|420BPh
7EOJ|1|A|U|427EOJ|1|A|U|8cWW
7EOJ|1|A|U|87EOJ|1|A|A|6ntWS
7EOJ|1|A|U|87EOJ|1|A|C|43ntSH
7EOJ|1|A|U|87EOJ|1|A|C|7s539BPh
7EOJ|1|A|U|87EOJ|1|A|G|9s35
7EOJ|1|A|U|87EOJ|1|A|U|42cWW
7EOJ|1|A|U|87EOJ|1|A|U|80BPh


Base-PairsCount (21)Relative Frequency
cWW160.762
tWH10.048
cHS40.190
Base-PhosphateCount (43)Relative Frequency
5BPh10.023
7BPh10.023
8BPh10.023
9BPh10.023
0BPh390.907
Base-StackingCount (26)Relative Frequency
s3310.038
s53160.615
s5590.346

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)

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