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As of 30-Nov-2022 number of released structures: 12490
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NDB ID: 7JRS  PDB ID: 7JRS 


RNA Base-Pairs, Stacking and other pairwise interactions

CSV Format

Nucleotide 1Nucleotide 2Base-PairsBase-StackingBase-Phosphate
7JRS|1|A|A|107JRS|1|A|A|100BPh
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7JRS|1|B|G|937JRS|1|B|G|930BPh
7JRS|1|B|G|967JRS|1|B|C|37cWW
7JRS|1|B|G|967JRS|1|B|C|95s53
7JRS|1|B|G|967JRS|1|B|C|97s35
7JRS|1|B|G|967JRS|1|B|G|38s55
7JRS|1|B|G|967JRS|1|B|G|960BPh
7JRS|1|B|G|997JRS|1|B|A|100s35
7JRS|1|B|G|997JRS|1|B|A|35s55
7JRS|1|B|G|997JRS|1|B|G|990BPh
7JRS|1|B|G|997JRS|1|B|U|34ncWS
7JRS|1|B|G|997JRS|1|B|U|98s53
7JRS|1|B|U|1027JRS|1|B|A|31cWW
7JRS|1|B|U|1027JRS|1|B|C|103s35
7JRS|1|B|U|1027JRS|1|B|G|101s53
7JRS|1|B|U|1027JRS|1|B|U|1020BPh
7JRS|1|B|U|1087JRS|1|A|A|3cWW
7JRS|1|B|U|1087JRS|1|B|C|109s35
7JRS|1|B|U|1087JRS|1|B|G|107s53
7JRS|1|B|U|1087JRS|1|B|U|1080BPh
7JRS|1|B|U|1147JRS|1|B|A|25cWW
7JRS|1|B|U|1147JRS|1|B|G|113s53
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7JRS|1|B|U|1147JRS|1|B|U|115s35
7JRS|1|B|U|1157JRS|1|B|A|25ns55
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7JRS|1|B|U|1157JRS|1|B|U|114s53
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7JRS|1|B|U|1187JRS|1|B|A|117s53
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7JRS|1|B|U|1187JRS|1|B|G|119s35
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7JRS|1|B|U|1267JRS|1|B|A|10cWW
7JRS|1|B|U|1267JRS|1|B|A|127s35
7JRS|1|B|U|1267JRS|1|B|C|125s53
7JRS|1|B|U|1267JRS|1|B|G|11s55
7JRS|1|B|U|1267JRS|1|B|U|1260BPh
7JRS|1|B|U|227JRS|1|B|A|117cWW
7JRS|1|B|U|227JRS|1|B|A|21s53
7JRS|1|B|U|227JRS|1|B|C|23s35
7JRS|1|B|U|227JRS|1|B|U|220BPh
7JRS|1|B|U|277JRS|1|B|A|112cWW
7JRS|1|B|U|277JRS|1|B|C|26s53
7JRS|1|B|U|277JRS|1|B|G|113s55
7JRS|1|B|U|277JRS|1|B|G|28ns35
7JRS|1|B|U|277JRS|1|B|U|270BPh
7JRS|1|B|U|337JRS|1|B|A|100cWW
7JRS|1|B|U|337JRS|1|B|C|32s53
7JRS|1|B|U|337JRS|1|B|G|101s55
7JRS|1|B|U|337JRS|1|B|U|330BPh
7JRS|1|B|U|337JRS|1|B|U|34s35
7JRS|1|B|U|347JRS|1|B|A|35s35
7JRS|1|B|U|347JRS|1|B|G|99ncSW
7JRS|1|B|U|347JRS|1|B|U|33s53
7JRS|1|B|U|347JRS|1|B|U|340BPh
7JRS|1|B|U|437JRS|1|A|A|68ncWW
7JRS|1|B|U|437JRS|1|A|G|69ns55
7JRS|1|B|U|437JRS|1|B|C|42s53
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7JRS|1|B|U|437JRS|1|B|U|430BPh
7JRS|1|B|U|487JRS|1|B|A|91cWW
7JRS|1|B|U|487JRS|1|B|C|47s53
7JRS|1|B|U|487JRS|1|B|G|49s35
7JRS|1|B|U|487JRS|1|B|G|92s55
7JRS|1|B|U|487JRS|1|B|U|480BPh
7JRS|1|B|U|547JRS|1|B|A|85cWW
7JRS|1|B|U|547JRS|1|B|G|53s53
7JRS|1|B|U|547JRS|1|B|G|55s35
7JRS|1|B|U|547JRS|1|B|U|540BPh
7JRS|1|B|U|627JRS|1|B|C|61s53
7JRS|1|B|U|627JRS|1|B|G|63ns35
7JRS|1|B|U|627JRS|1|B|G|74ncSW
7JRS|1|B|U|627JRS|1|B|G|75s55
7JRS|1|B|U|627JRS|1|B|U|620BPh
7JRS|1|B|U|877JRS|1|B|A|52cWW
7JRS|1|B|U|877JRS|1|B|C|86s53
7JRS|1|B|U|877JRS|1|B|G|53s55
7JRS|1|B|U|877JRS|1|B|G|88s35
7JRS|1|B|U|877JRS|1|B|U|870BPh
7JRS|1|B|U|897JRS|1|B|C|90s35
7JRS|1|B|U|897JRS|1|B|G|50ncSW
7JRS|1|B|U|897JRS|1|B|G|88s53
7JRS|1|B|U|897JRS|1|B|U|890BPh
7JRS|1|B|U|97JRS|1|B|A|10s35
7JRS|1|B|U|97JRS|1|B|A|127cWW
7JRS|1|B|U|97JRS|1|B|G|8s53
7JRS|1|B|U|947JRS|1|B|A|39cWW
7JRS|1|B|U|947JRS|1|B|C|95s35
7JRS|1|B|U|947JRS|1|B|G|939BPh
7JRS|1|B|U|987JRS|1|B|A|35cWW
7JRS|1|B|U|987JRS|1|B|C|97ns53
7JRS|1|B|U|987JRS|1|B|G|36s55
7JRS|1|B|U|987JRS|1|B|G|99s35
7JRS|1|B|U|987JRS|1|B|U|980BPh


Base-PairsCount (106)Relative Frequency
cWW940.887
tWW10.009
tHS110.104
Base-PhosphateCount (229)Relative Frequency
5BPh10.004
6BPh10.004
8BPh10.004
9BPh30.013
0BPh2230.974
Base-StackingCount (166)Relative Frequency
s33120.072
s53810.488
s55730.440

Leontis/Westhof Classification Legend

Base-Phosphate Interactions Legend

Base-Stacking Interactions Legend

Saenger Classification Legend

Correspondence of Leontis/Westhof names to Saenger numbering (table)